tree.h

   1 #ifndef TREE_H
   2 #define TREE_H
   3
   4 /*
   5  *  tree.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/22/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 #include <string>
  16 #include <iostream>
  17 #include <vector>
  18 #include <fstream>
  19 #include <iomanip>
  20 #include <sstream>
  21 #include <map>
  22
  23 #include "treenode.h"
  24 #include "globaldata.hpp"
  25
  26 /* This class represents the treefile. */
  27
  28 class Tree {
  29         public:
  30                 Tree();         //to generate a tree from a file
  31                 ~Tree() {};
  32
  33
  34                 void getCopy(Tree*);  //makes tree a copy of the one passed in.
  35                 void assembleRandomTree();
  36                 void assembleRandomUnifracTree();
  37                 void createNewickFile();
  38                 int getIndex(string);
  39                 void setIndex(string, int);
  40                 int getNumNodes() { return numNodes; }
  41                 int getNumLeaves(){     return numLeaves; }
  42
  43                 //this function takes the leaf info and populates the non leaf nodes
  44                 void assembleTree();
  45
  46                 vector<Node> tree;              //the first n nodes are the leaves, where n is the number of sequences.
  47
  48         private:
  49                 GlobalData* globaldata;
  50                 int numNodes, numLeaves;
  51                 ofstream out;
  52                 string filename;
  53
  54                 map<string, int>::iterator it;
  55                 map<string, int> mergeGroups(int);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  56                 map<string,int> Tree::mergeGcounts(int);
  57                 void randomTopology();
  58                 void randomBlengths();
  59                 void randomLabels();
  60                 int findRoot();  //return index of root node
  61                 void printBranch(int);  //recursively print out tree
  62 };
  63
  64 #endif