tree.h

   1 #ifndef TREE_H
   2 #define TREE_H
   3
   4 /*
   5  *  tree.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/22/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "treenode.h"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15
  16 class GlobalData;
  17 /* This class represents the treefile. */
  18
  19 class Tree {
  20 public:
  21         Tree();         //to generate a tree from a file
  22         ~Tree();
  23
  24         void getCopy(Tree*);  //makes tree a copy of the one passed in.
  25         void assembleRandomTree();
  26         void assembleRandomUnifracTree(vector<string>);
  27         void assembleRandomUnifracTree(string, string);
  28         void createNewickFile(string);
  29         int getIndex(string);
  30         void setIndex(string, int);
  31         int getNumNodes() { return numNodes; }
  32         int getNumLeaves(){     return numLeaves; }
  33         map<string, int> mergeUserGroups(int, vector<string>);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  34         void printTree();
  35         void print(ostream&);
  36         void printForBoot(ostream&);
  37         int findRoot();  //return index of root node
  38
  39         //this function takes the leaf info and populates the non leaf nodes
  40         int assembleTree();
  41
  42         vector<Node> tree;              //the first n nodes are the leaves, where n is the number of sequences.
  43
  44 private:
  45         GlobalData* globaldata;
  46         int numNodes, numLeaves;
  47         ofstream out;
  48         string filename;
  49
  50         map<string, int>::iterator it, it2;
  51         map<string, int> mergeGroups(int);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  52         map<string,int> mergeGcounts(int);
  53
  54         void addNamesToCounts();
  55         void randomTopology();
  56         void randomBlengths();
  57         void randomLabels(vector<string>);
  58         //void randomLabels(string, string);
  59         void printBranch(int, ostream&, string);  //recursively print out tree
  60         void parseTreeFile();   //parses through tree file to find names of nodes and number of them
  61                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
  62                                                         //not included in the tree.
  63                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
  64         int readTreeString(ifstream&);
  65         MothurOut* m;
  66
  67 };
  68
  69 #endif