tree.h

   1 #ifndef TREE_H
   2 #define TREE_H
   3
   4 /*
   5  *  tree.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/22/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 #include "treenode.h"
  16 #include "globaldata.hpp"
  17
  18 /* This class represents the treefile. */
  19
  20 class Tree {
  21 public:
  22         Tree();         //to generate a tree from a file
  23         ~Tree();
  24
  25
  26         void getCopy(Tree*);  //makes tree a copy of the one passed in.
  27         void assembleRandomTree();
  28         void assembleRandomUnifracTree(vector<string>);
  29         void assembleRandomUnifracTree(string, string);
  30         void createNewickFile(string);
  31         int getIndex(string);
  32         void setIndex(string, int);
  33         int getNumNodes() { return numNodes; }
  34         int getNumLeaves(){     return numLeaves; }
  35         map<string, int> mergeUserGroups(int, vector<string>);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  36         void printTree();
  37         void print(ostream&);
  38         void printForBoot(ostream&);
  39         int findRoot();  //return index of root node
  40
  41         //this function takes the leaf info and populates the non leaf nodes
  42         void assembleTree();
  43
  44         vector<Node> tree;              //the first n nodes are the leaves, where n is the number of sequences.
  45 private:
  46         GlobalData* globaldata;
  47         int numNodes, numLeaves;
  48         ofstream out;
  49         string filename;
  50
  51         map<string, int>::iterator it, it2;
  52         map<string, int> mergeGroups(int);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  53
  54         map<string,int> mergeGcounts(int);
  55         void randomTopology();
  56         void randomBlengths();
  57         void randomLabels(vector<string>);
  58         void randomLabels(string, string);
  59         void printBranch(int, ostream&, string);  //recursively print out tree
  60 };
  61
  62 #endif