tree.h

   1 #ifndef TREE_H
   2 #define TREE_H
   3
   4 /*
   5  *  tree.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/22/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "treenode.h"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15
  16 class GlobalData;
  17 /* This class represents the treefile. */
  18
  19 class Tree {
  20 public:
  21         Tree(string);
  22         Tree(int);
  23         Tree();         //to generate a tree from a file
  24         ~Tree();
  25
  26         void getCopy(Tree*);  //makes tree a copy of the one passed in.
  27         void getSubTree(Tree*, vector<string>);  //makes tree a that contains only the names passed in.
  28         void assembleRandomTree();
  29         void assembleRandomUnifracTree(vector<string>);
  30         void assembleRandomUnifracTree(string, string);
  31         void createNewickFile(string);
  32         int getIndex(string);
  33         void setIndex(string, int);
  34         int getNumNodes() { return numNodes; }
  35         int getNumLeaves(){     return numLeaves; }
  36         map<string, int> mergeUserGroups(int, vector<string>);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  37         void printTree();
  38         void print(ostream&);
  39         void print(ostream&, string);
  40         int findRoot();  //return index of root node
  41
  42         //this function takes the leaf info and populates the non leaf nodes
  43         int assembleTree();
  44         int assembleTree(string);
  45
  46         vector<Node> tree;              //the first n nodes are the leaves, where n is the number of sequences.
  47         map< string, vector<int> > groupNodeInfo;       //maps group to indexes of leaf nodes with that group, different groups may contain same node because of names file.
  48
  49 private:
  50         GlobalData* globaldata;
  51         int numNodes, numLeaves;
  52         ofstream out;
  53         string filename;
  54
  55         map<string, int>::iterator it, it2;
  56         map<string, int> mergeGroups(int);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  57         map<string,int> mergeGcounts(int);
  58
  59         void addNamesToCounts();
  60         void randomTopology();
  61         void randomBlengths();
  62         void randomLabels(vector<string>);
  63         //void randomLabels(string, string);
  64         void printBranch(int, ostream&, string);  //recursively print out tree
  65         void parseTreeFile();   //parses through tree file to find names of nodes and number of them
  66                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
  67                                                         //not included in the tree.
  68                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
  69         int readTreeString(ifstream&);
  70         int populateNewTree(vector<Node>&, int, int&);
  71         void printBranch(int, ostream&, string, vector<Node>&);
  72
  73         MothurOut* m;
  74
  75 };
  76
  77 #endif