tree.h

   1 #ifndef TREE_H
   2 #define TREE_H
   3
   4 /*
   5  *  tree.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/22/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "treenode.h"
  14 #include "treemap.h"
  15 /* This class represents the treefile. */
  16
  17 class Tree {
  18 public:
  19         Tree(string);  //do not use tree generated by this constructor its just to extract the treenames, its a chicken before the egg thing that needs to be revisited.
  20         Tree(int, TreeMap*);
  21         Tree(TreeMap*);         //to generate a tree from a file
  22     Tree(TreeMap*, vector< vector<double> >&); //create tree from sim matrix
  23         ~Tree();
  24
  25         void getCopy(Tree*);  //makes tree a copy of the one passed in.
  26         void getSubTree(Tree*, vector<string>);  //makes tree a that contains only the names passed in.
  27     int getSubTree(Tree* originalToCopy, vector<string> seqToInclude, map<string, string> nameMap);  //used with (int, TreeMap) constructor. SeqsToInclude contains subsample wanted - assumes these are unique seqs and size of vector=numLeaves passed into constructor. nameMap is unique -> redundantList can be empty if no namesfile was provided.
  28
  29         void assembleRandomTree();
  30         void assembleRandomUnifracTree(vector<string>);
  31         void assembleRandomUnifracTree(string, string);
  32
  33         void createNewickFile(string);
  34         int getIndex(string);
  35         void setIndex(string, int);
  36         int getNumNodes() { return numNodes; }
  37         int getNumLeaves(){     return numLeaves; }
  38         map<string, int> mergeUserGroups(int, vector<string>);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  39         void printTree();
  40         void print(ostream&);
  41         void print(ostream&, string);
  42         int findRoot();  //return index of root node
  43
  44         //this function takes the leaf info and populates the non leaf nodes
  45         int assembleTree();
  46         int assembleTree(string);
  47
  48         vector<Node> tree;              //the first n nodes are the leaves, where n is the number of sequences.
  49         map< string, vector<int> > groupNodeInfo;       //maps group to indexes of leaf nodes with that group, different groups may contain same node because of names file.
  50
  51 private:
  52         TreeMap* tmap;
  53         int numNodes, numLeaves;
  54         ofstream out;
  55         string filename;
  56
  57         map<string, int>::iterator it, it2;
  58         map<string, int> mergeGroups(int);  //returns a map with a groupname and the number of times that group was seen in the children
  59         map<string,int> mergeGcounts(int);
  60
  61         void addNamesToCounts(map<string, string>);
  62         void randomTopology();
  63         void randomBlengths();
  64         void randomLabels(vector<string>);
  65         //void randomLabels(string, string);
  66         void printBranch(int, ostream&, string);  //recursively print out tree
  67         void parseTreeFile();   //parses through tree file to find names of nodes and number of them
  68                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
  69                                                         //not included in the tree.
  70                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
  71         int readTreeString(ifstream&);
  72         int populateNewTree(vector<Node>&, int, int&);
  73         void printBranch(int, ostream&, string, vector<Node>&);
  74
  75         MothurOut* m;
  76
  77 };
  78
  79 #endif