tree.cpp

   1 /*
   2  *  tree.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/22/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "tree.h"
  11
  12
  13 /*****************************************************************/
  14 Tree::Tree() {
  15         try {
  16                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  17
  18                 numLeaves = globaldata->gTreemap->getNumSeqs();
  19                 numNodes = 2*numLeaves - 1;
  20
  21                 tree.resize(numNodes);
  22
  23                 //initialize tree with correct number of nodes, name and group info.
  24                 for (int i = 0; i < numNodes; i++) {
  25
  26                         //initialize leaf nodes
  27                         if (i <= (numLeaves-1)) {
  28                                 tree[i].setName(globaldata->gTreemap->namesOfSeqs[i]);
  29                                 tree[i].setGroup(globaldata->gTreemap->getGroup(globaldata->gTreemap->namesOfSeqs[i]));
  30                                 //the node knows its index
  31                                 tree[i].setIndex(i);
  32                                 //Treemap knows name, group and index to speed up search
  33                                 globaldata->gTreemap->setIndex(globaldata->gTreemap->namesOfSeqs[i], i);
  34                         //intialize non leaf nodes
  35                         }else if (i > (numLeaves-1)) {
  36                                 tree[i].setName("");
  37                                 tree[i].setGroup("");
  38                                 //the node knows its index
  39                                 tree[i].setIndex(i);
  40                         }
  41                 }
  42         }
  43         catch(exception& e) {
  44                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Tree class Function Tree. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47         catch(...) {
  48                 cout << "An unknown error has occurred in the Tree class function Tree. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51 }
  52
  53 /*****************************************************************/
  54
  55 int Tree::getIndex(string searchName) {
  56         try {
  57                 //Treemap knows name, group and index to speed up search
  58                 // getIndex function will return the vector index or -1 if seq is not found.
  59                 int index = globaldata->gTreemap->getIndex(searchName);
  60                 return index;
  61
  62         }
  63         catch(exception& e) {
  64                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Tree class Function getIndex. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67         catch(...) {
  68                 cout << "An unknown error has occurred in the Tree class function getIndex. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  69                 exit(1);
  70         }
  71 }
  72 /*****************************************************************/
  73
  74 void Tree::setIndex(string searchName, int index) {
  75         try {
  76                 //set index in treemap
  77                 globaldata->gTreemap->setIndex(searchName, index);
  78         }
  79         catch(exception& e) {
  80                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Tree class Function setIndex. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  81                 exit(1);
  82         }
  83         catch(...) {
  84                 cout << "An unknown error has occurred in the Tree class function setIndex. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  85                 exit(1);
  86         }
  87 }
  88
  89
  90 /*****************************************************************/
  91 // This prints out the tree in Newick form.
  92 void Tree::createNewickFile() {
  93         try {
  94                 int root = findRoot();
  95                 filename = getRootName(globaldata->getTreeFile()) + "newick";
  96                 openOutputFile(filename, out);
  97
  98                 printBranch(root);
  99
 100                 // you are at the end of the tree
 101                 out << ";" << endl;
 102         }
 103         catch(exception& e) {
 104                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Tree class Function createNewickFile. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 105                 exit(1);
 106         }
 107         catch(...) {
 108                 cout << "An unknown error has occurred in the Tree class function createNewickFile. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 109                 exit(1);
 110         }
 111 }
 112
 113 /*****************************************************************/
 114 //This function finds the index of the root node.
 115
 116 int Tree::findRoot() {
 117         try {
 118                 for (int i = 0; i < numNodes; i++) {
 119                         //you found the root
 120                         if (tree[i].getParent() == -1) { return i; }
 121                 }
 122                 return -1;
 123         }
 124         catch(exception& e) {
 125                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Tree class Function findRoot. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 126                 exit(1);
 127         }
 128         catch(...) {
 129                 cout << "An unknown error has occurred in the Tree class function findRoot. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 130                 exit(1);
 131         }
 132 }
 133
 134 /*****************************************************************/
 135 void Tree::printBranch(int node) {
 136         try {
 137
 138                 // you are not a leaf
 139                 if (tree[node].getLChild() != -1) {
 140                         out << "(";
 141                         printBranch(tree[node].getLChild());
 142                         out << ",";
 143                         printBranch(tree[node].getRChild());
 144                         out << ")";
 145                 }else { //you are a leaf
 146                         tree[node].printNode(out);  //prints out name and branch length
 147                 }
 148
 149         }
 150         catch(exception& e) {
 151                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Tree class Function printBranch. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 152                 exit(1);
 153         }
 154         catch(...) {
 155                 cout << "An unknown error has occurred in the Tree class function printBranch. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 156                 exit(1);
 157         }
 158 }
 159
 160 /*****************************************************************/
 161
 162
 163