subsample.h

   1 #ifndef Mothur_subsample_h
   2 #define Mothur_subsample_h
   3
   4 //
   5 //  subsample.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 4/2/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "mothurout.h"
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14
  15 //subsampling overwrites the sharedRabunds.  If you need to reuse the original use the getSamplePreserve function.
  16
  17 class SubSample {
  18
  19     public:
  20
  21         SubSample() { m = MothurOut::getInstance(); }
  22         ~SubSample() {}
  23
  24         vector<string> getSample(vector<SharedRAbundVector*>&, int); //returns the bin labels for the subsample, mothurOuts binlabels are preserved so you can run this multiple times.
  25
  26         vector<SharedRAbundVector*> getSamplePreserve(vector<SharedRAbundVector*>&, vector<string>&, int);
  27
  28     private:
  29
  30         MothurOut* m;
  31         int eliminateZeroOTUS(vector<SharedRAbundVector*>&);
  32
  33 };
  34
  35 #endif