sparsematrix.hpp

   1 #ifndef SPARSEMATRIX_H
   2 #define SPARSEMATRIX_H
   3
   4 #include "utilities.hpp"
   5 #include "mothur.h"
   6
   7
   8 class ListVector;
   9
  10 /***********************************************************************/
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  13  struct PCell{
  14         ull row;
  15         ull column;
  16         float dist;
  17         PCell** vectorMap;
  18         PCell() : row(0), column(0), dist(0), vectorMap(NULL) {};
  19         PCell(ull r, ull c, float d) : row(r), column(c), dist(d), vectorMap(NULL) {};
  20 };
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 class SparseMatrix {
  25
  26 public:
  27         SparseMatrix();
  28         int getNNodes();
  29         void print();                                   //Print the contents of the matrix
  30         void print(ListVector*);                                        //Print the contents of the matrix
  31         PCell* getSmallestCell();               //Return the cell with the smallest distance
  32         float getSmallDist();
  33
  34         void rmCell(list<PCell>::iterator);
  35         void addCell(PCell);
  36         void clear();
  37         list<PCell>::iterator begin();
  38         list<PCell>::iterator end();
  39
  40 private:
  41         PCell* smallCell;                               //The cell with the smallest distance
  42         int numNodes;
  43
  44         list<PCell> matrix;
  45
  46         vector<PCell*> mins;
  47         float smallDist;
  48         int minsIndex;
  49 };
  50
  51 /***********************************************************************/
  52
  53 #endif