sparsematrix.hpp

   1 #ifndef SPARSEMATRIX_H
   2 #define SPARSEMATRIX_H
   3
   4 #include "mothur.h"
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   6
   7 class ListVector;
   8
   9 /***********************************************************************/
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  12  struct PCell{
  13         ull row;
  14         ull column;
  15         float dist;
  16         PCell** vectorMap;
  17         PCell() : row(0), column(0), dist(0), vectorMap(NULL) {};
  18         PCell(ull r, ull c, float d) : row(r), column(c), dist(d), vectorMap(NULL) {};
  19 };
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 class SparseMatrix {
  24
  25 public:
  26         SparseMatrix();
  27         int getNNodes();
  28         void print();                                   //Print the contents of the matrix
  29         void print(ListVector*);                                        //Print the contents of the matrix
  30         PCell* getSmallestCell();               //Return the cell with the smallest distance
  31         float getSmallDist();
  32
  33         void rmCell(list<PCell>::iterator);
  34         void addCell(PCell);
  35         void clear();
  36         list<PCell>::iterator begin();
  37         list<PCell>::iterator end();
  38
  39 private:
  40         PCell* smallCell;                               //The cell with the smallest distance
  41         int numNodes;
  42
  43         list<PCell> matrix;
  44
  45         vector<PCell*> mins;
  46         float smallDist;
  47         int minsIndex;
  48 };
  49
  50 /***********************************************************************/
  51
  52 #endif