sparsematrix.cpp

   1 #include "utilities.hpp"
   2 #include "sparsematrix.hpp"
   3 #include "listvector.hpp"
   4
   5 using namespace std;
   6
   7 typedef list<PCell>::iterator MatData;
   8
   9 /***********************************************************************/
  10
  11 SparseMatrix::SparseMatrix() : numNodes(0), minsIndex(0), smallDist(1e6){};
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 int SparseMatrix::getNNodes(){
  16         return numNodes;
  17 }
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 float SparseMatrix::getSmallDist(){
  22         return smallDist;
  23 }
  24
  25 /***********************************************************************/
  26
  27 void SparseMatrix::rmCell(MatData data){
  28         try {
  29                 if(data->vectorMap != NULL ){
  30                         *(data->vectorMap) = NULL;
  31                         data->vectorMap = NULL;
  32                 }
  33                 matrix.erase(data);
  34                 numNodes--;
  35
  36         //  seems like i should be updating smallDist here, but the only time we remove cells is when
  37         //  clustering and the clustering algorithm updates smallDist
  38         }
  39         catch(exception& e) {
  40                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function rmCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  41                 exit(1);
  42         }
  43         catch(...) {
  44                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function rmCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47 }
  48
  49 /***********************************************************************/
  50
  51 void SparseMatrix::addCell(PCell value){
  52         try {
  53                 matrix.push_back(value);
  54                 numNodes++;
  55                 if(value.dist < smallDist){
  56                         smallDist = value.dist;
  57                 }
  58         }
  59         catch(exception& e) {
  60                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function addCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  61                 exit(1);
  62         }
  63         catch(...) {
  64                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function addCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67 }
  68
  69 /***********************************************************************/
  70
  71 void SparseMatrix::clear(){
  72         try {
  73                 matrix.clear();
  74                 mins.clear();
  75                 numNodes = 0;
  76                 minsIndex = 0;
  77                 smallDist = 1e6;
  78         }
  79         catch(exception& e) {
  80                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  81                 exit(1);
  82         }
  83         catch(...) {
  84                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  85                 exit(1);
  86         }
  87 }
  88
  89 /***********************************************************************/
  90
  91 MatData SparseMatrix::begin(){
  92         return matrix.begin();
  93 }
  94
  95 /***********************************************************************/
  96
  97 MatData SparseMatrix::end(){
  98         return matrix.end();
  99 }
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 void SparseMatrix::print(){
 104         try {
 105                 int index = 0;
 106
 107                 cout << endl << "Index\tRow\tColumn\tDistance" << endl;
 108
 109                 for(MatData currentCell=matrix.begin();currentCell!=matrix.end();currentCell++){
 110                         cout << index << '\t' << currentCell->row  << '\t' << currentCell->column << '\t' << currentCell->dist << endl;
 111                         index++;
 112                 }
 113         }
 114         catch(exception& e) {
 115                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 116                 exit(1);
 117         }
 118         catch(...) {
 119                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 120                 exit(1);
 121         }
 122 }
 123
 124 /***********************************************************************/
 125
 126 void SparseMatrix::print(ListVector* list){
 127         try {
 128                 int index = 0;
 129
 130                 cout << endl << "Index\tRow\tColumn\tDistance" << endl;
 131
 132                 for(MatData currentCell=matrix.begin();currentCell!=matrix.end();currentCell++){
 133                         cout << index << '\t' << list->get(currentCell->row)  << '\t' << list->get(currentCell->column) << '\t' << currentCell->dist << endl;
 134                         index++;
 135                 }
 136         }
 137         catch(exception& e) {
 138                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 139                 exit(1);
 140         }
 141         catch(...) {
 142                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 143                 exit(1);
 144         }
 145 }
 146
 147 /***********************************************************************/
 148
 149 PCell* SparseMatrix::getSmallestCell(){
 150         try {
 151         //      this is where I check to see if the next small distance has the correct distance
 152         //      if it doesn't then I remove the offending Cell -> should also be able to check for
 153         //      invalid iterator / pointer -- right???
 154
 155                 while(!mins.empty() && mins.back() == NULL){
 156                         mins.pop_back();
 157                 }
 158
 159         //      if the mins vector is empty go here...
 160                 if(mins.empty()){
 161                         mins.clear();
 162
 163                         smallDist = begin()->dist;  //set the first candidate small distance
 164
 165                         for(MatData currentCell=begin();currentCell!=end();currentCell++){
 166
 167                                 float dist = currentCell->dist;
 168
 169                                 if(dist < smallDist){  //found a new smallest distance
 170                                         mins.clear();
 171                                         smallDist = dist;
 172                                         mins.push_back(&*currentCell);  //this is the address of the data in the list being pointed to by the MatData iterator
 173                                 }
 174                                 else if(dist == smallDist){  //if a subsequent distance is the same as mins distance add the new iterator to the mins vector
 175                                         mins.push_back(&*currentCell); //this is the address of the data in the list being pointed to by the MatData iterator
 176                                 }
 177
 178                         }
 179                         random_shuffle(mins.begin(), mins.end());  //randomize the order of the iterators in the mins vector
 180
 181                         for(int i=0;i<mins.size();i++){
 182                                 mins[i]->vectorMap = &mins[i];  //assign vectorMap to the address for the container
 183                         }
 184
 185                 }
 186
 187                 smallCell = mins.back();        //make the smallestCell the last element of the vector
 188
 189                 mins.pop_back();                        //remove the last element from the vector
 190
 191                 return smallCell;
 192         }
 193         catch(exception& e) {
 194                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function getSmallestCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 195                 exit(1);
 196         }
 197         catch(...) {
 198                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function getSmallestCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 199                 exit(1);
 200         }
 201 }
 202
 203 /***********************************************************************/
 204