sortseqscommand.h

   1 #ifndef Mothur_sortseqscommand_h
   2 #define Mothur_sortseqscommand_h
   3
   4
   5 //
   6 //  sortseqscommand.h
   7 //  Mothur
   8 //
   9 //  Created by Sarah Westcott on 2/3/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  11 //
  12
  13
  14
  15 #include "command.hpp"
  16
  17 class SortSeqsCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20
  21     SortSeqsCommand(string);
  22     SortSeqsCommand();
  23     ~SortSeqsCommand(){}
  24
  25     vector<string> setParameters();
  26     string getCommandName()                     { return "sort.seqs";                           }
  27     string getCommandCategory()         { return "Sequence Processing";         }
  28
  29         string getHelpString();
  30     string getOutputPattern(string);
  31     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Sort.seqs"; }
  32     string getDescription()             { return "puts sequences from a fasta, name, group, quality, flow or taxonomy file in the same order"; }
  33
  34     int execute();
  35     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37
  38 private:
  39     map<string, int> names;
  40     string accnosfile, fastafile, namefile, groupfile, countfile, taxfile, qualfile, flowfile, outputDir;
  41     bool abort, large;
  42     vector<string> outputNames;
  43
  44     int readFasta();
  45     int readFlow();
  46     int readName();
  47     int readGroup();
  48     int readTax();
  49     int readCount();
  50     int readQual();
  51
  52 };
  53
  54 #endif
  55
  56