shen.cpp

   1 /*
   2  *  shen.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 5/18/09.
   6  *  Copyright 2009Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "shen.h"
  11 #include "ace.h"
  12
  13
  14 /***********************************************************************/
  15 EstOutput Shen::getValues(SAbundVector* rank){
  16
  17         try {
  18                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  19
  20                 data.resize(1,0);
  21
  22                 double n = (double)rank->getNumSeqs();
  23                 double f1 = (double)rank->get(1);
  24
  25                 int abund;
  26                 convert(globaldata->getAbund(), abund);
  27
  28                 Ace* calc = new Ace(abund);
  29                 EstOutput ace = calc->getValues(rank);
  30
  31                 double f0 = n - ace[0];
  32
  33                 data[0] = f0 * (1 - pow(1 - f1/n/f0, m));
  34
  35                 return data;
  36         }
  37         catch(exception& e) {
  38                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Coverage class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  39                 exit(1);
  40         }
  41         catch(...) {
  42                 cout << "An unknown error has occurred in the Coverage class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  43                 exit(1);
  44         }
  45 };
  46
  47
  48 /***********************************************************************/