shen.cpp

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   2  *  shen.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 5/18/09.
   6  *  Copyright 2009 __MyCompanyName__. All rights reserved.
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  10 #include "shen.h"
  11 #include <math.h>
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  14 /***********************************************************************/
  15 EstOutput Shen::getValues(SAbundVector* rank){
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  17         try {
  18                 data.resize(1,0);
  19
  20                 double n = (double)rank->getNumSeqs();
  21                 double f1 = (double)rank->get(1);
  22
  23                 double D_rare = 0; //I didn't know what this was. Simply replace the '0' with the appropriate expression.
  24                 double C_rare = 1; //I didn't know what this was. Simply replace the '1' with the appropriate expression.
  25                 double Y_rare = 1; //I didn't know what this was. Simply replace the '1' with the appropriate expression.
  26
  27                 double f0 = D_rare/C_rare + f1/C_rare * Y_rare*Y_rare - D_rare;
  28
  29                 data[0] = f0 * (1 - pow(1 - f1/n/f0, m));
  30
  31                 return data;
  32         }
  33         catch(exception& e) {
  34                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Coverage class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  35                 exit(1);
  36         }
  37         catch(...) {
  38                 cout << "An unknown error has occurred in the Coverage class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  39                 exit(1);
  40         }
  41 };
  42
  43
  44 /***********************************************************************/