sharedsabundvector.h

   1 #ifndef SHAREDSABUND_H
   2 #define SHAREDSABUND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  sharedSharedSAbundVector.h
   7  *  Dotur
   8  *
   9  *  Created by Sarah Westcott on 12/10/08.
  10  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14
  15 #include <Carbon/Carbon.h>
  16 #include "datavector.hpp"
  17 #include "rabundvector.hpp"
  18 #include "ordervector.hpp"
  19 #include "sharedordervector.h"
  20 #include "sharedrabundvector.h"
  21
  22 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  23         It is similiar to an sabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  24         Each member of the internal container "data" is a struct of type individual.
  25         An individual which knows the OTU from which it came,
  26         the group it is in and its abundance.  */
  27
  28 using namespace std;
  29
  30 class SharedSAbundVector : public DataVector {
  31
  32 public:
  33         SharedSAbundVector();
  34         SharedSAbundVector(int);
  35         SharedSAbundVector(const SharedSAbundVector& rv) : DataVector(rv.label), data(rv.data), maxRank(rv.maxRank), numBins(rv.numBins), numSeqs(rv.numSeqs){};
  36         ~SharedSAbundVector(){};
  37
  38         int getNumBins();
  39         int getNumSeqs();
  40         int getMaxRank();
  41         string getGroup();
  42         void setGroup(string);
  43
  44         void set(int, int, string);      //OTU, abundance, group
  45         individual get(int);
  46         int getAbundance(int);
  47         void push_back(int, int, string);       //abundance, OTU, group
  48         void pop_back();
  49         void resize(int);
  50         int size();
  51
  52         void print(ostream&);
  53
  54         RAbundVector getRAbundVector();
  55         SAbundVector getSAbundVector();
  56         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  57         SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  58         SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  59         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  60
  61 private:
  62         vector<individual> data;
  63
  64         int maxRank;
  65         int numBins;
  66         int numSeqs;
  67         string group;
  68 };
  69
  70 #endif
  71