sharedsabundvector.h

   1 #ifndef SHAREDSABUND_H
   2 #define SHAREDSABUND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  sharedSharedSAbundVector.h
   7  *  Dotur
   8  *
   9  *  Created by Sarah Westcott on 12/10/08.
  10  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  11  *
  12  */
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  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "rabundvector.hpp"
  16 #include "ordervector.hpp"
  17 #include "sharedordervector.h"
  18 #include "sharedrabundvector.h"
  19
  20 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  21         It is similiar to an sabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  22         Each member of the internal container "data" is a struct of type individual.
  23         An individual which knows the OTU from which it came,
  24         the group it is in and its abundance.  */
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  27 class SharedSAbundVector : public DataVector {
  28
  29 public:
  30         SharedSAbundVector();
  31         SharedSAbundVector(int);
  32         SharedSAbundVector(const SharedSAbundVector& rv) : DataVector(rv.label), data(rv.data), maxRank(rv.maxRank), numBins(rv.numBins), numSeqs(rv.numSeqs){};
  33         ~SharedSAbundVector(){};
  34
  35         int getNumBins();
  36         int getNumSeqs();
  37         int getMaxRank();
  38         string getGroup();
  39         void setGroup(string);
  40
  41         void set(int, int, string);      //OTU, abundance, group
  42         individual get(int);
  43         int getAbundance(int);
  44         void push_back(int, int, string);       //abundance, OTU, group
  45         void pop_back();
  46         void resize(int);
  47         int size();
  48         void clear();
  49
  50         void print(ostream&);
  51
  52         RAbundVector getRAbundVector();
  53         SAbundVector getSAbundVector();
  54         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  55         SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  56         SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  57         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  58
  59 private:
  60         vector<individual> data;
  61
  62         int maxRank;
  63         int numBins;
  64         int numSeqs;
  65         string group;
  66 };
  67
  68 #endif
  69