sharedsabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedSharedSAbundVector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/10/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedsabundvector.h"
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "utilities.hpp"
  13
  14 using namespace std;
  15
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector(int size) :      DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  24                 individual newGuy;
  25                 //initialize data
  26                 for (int i=0; i< size; i++) {
  27                         newGuy.bin = i;
  28                         newGuy.abundance = 0;
  29                         data.push_back(newGuy);
  30                 }
  31 };
  32
  33 /***********************************************************************/
  34
  35 void SharedSAbundVector::set(int bin, int abundance, string groupName){
  36         try {
  37
  38                 int initSize = data[bin].abundance;
  39                 data[bin].abundance = abundance;
  40                 data[bin].group = groupName;
  41
  42                 if(bin != 0){
  43                         numBins += (abundance - initSize);
  44                 }
  45
  46                 numSeqs += bin * (abundance - initSize);
  47
  48                 if(bin > maxRank)       {       maxRank = bin;          }
  49         }
  50         catch(exception& e) {
  51                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54         catch(...) {
  55                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  56                 exit(1);
  57         }
  58 }
  59
  60 /***********************************************************************/
  61
  62 individual SharedSAbundVector::get(int index){
  63         return data[index];
  64 }
  65 /***********************************************************************/
  66
  67 int SharedSAbundVector::getAbundance(int index){
  68         return data[index].abundance;
  69 }
  70
  71 /***********************************************************************/
  72
  73 void SharedSAbundVector::push_back(int abundance, int bin, string groupName){
  74         try {
  75                 individual newGuy;
  76                 newGuy.abundance = abundance;
  77                 newGuy.bin = bin;
  78                 newGuy.group = groupName;
  79
  80                 data.push_back(newGuy);
  81
  82                 maxRank++;
  83
  84                 numBins += abundance;
  85
  86                 numSeqs += (maxRank * abundance);
  87         }
  88         catch(exception& e) {
  89                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  90                 exit(1);
  91         }
  92         catch(...) {
  93                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  94                 exit(1);
  95         }
  96 }
  97
  98 /***********************************************************************/
  99
 100 void SharedSAbundVector::resize(int size){
 101         data.resize(size);
 102 }
 103
 104 /***********************************************************************/
 105
 106 int SharedSAbundVector::size(){
 107         return data.size();
 108 }
 109
 110 /***********************************************************************/
 111 void SharedSAbundVector::print(ostream& output){
 112         try {
 113                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 114
 115                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 116                         output << data[i].abundance << '\t';
 117                 }
 118                 output << endl;
 119         }
 120         catch(exception& e) {
 121                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 122                 exit(1);
 123         }
 124         catch(...) {
 125                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 126                 exit(1);
 127         }
 128 }
 129 /***********************************************************************/
 130 string SharedSAbundVector::getGroup(){
 131         return group;
 132 }
 133
 134 /***********************************************************************/
 135
 136 void SharedSAbundVector::setGroup(string groupName){
 137         group = groupName;
 138 }
 139
 140 /**********************************************************************/
 141 int SharedSAbundVector::getNumBins(){
 142         return numBins;
 143 }
 144
 145 /***********************************************************************/
 146
 147 int SharedSAbundVector::getNumSeqs(){
 148         return numSeqs;
 149 }
 150
 151 /***********************************************************************/
 152
 153 int SharedSAbundVector::getMaxRank(){
 154         return maxRank;
 155 }
 156 /***********************************************************************/
 157 RAbundVector SharedSAbundVector::getRAbundVector(){
 158         try {
 159                 RAbundVector rav;
 160
 161                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 162                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 163                                 rav.push_back(i);
 164                         }
 165                 }
 166                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 167
 168                 rav.setLabel(label);
 169                 return rav;
 170         }
 171         catch(exception& e) {
 172                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 173                 exit(1);
 174         }
 175         catch(...) {
 176                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 177                 exit(1);
 178         }
 179 }
 180 /***********************************************************************/
 181 SAbundVector SharedSAbundVector::getSAbundVector(){
 182         try {
 183                 RAbundVector rav;
 184                 SAbundVector sav;
 185
 186                 rav = getRAbundVector();
 187                 sav = rav.getSAbundVector();
 188                 return sav;
 189
 190         }
 191         catch(exception& e) {
 192                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 193                 exit(1);
 194         }
 195         catch(...) {
 196                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 197                 exit(1);
 198         }
 199 }
 200
 201 /***********************************************************************/
 202
 203 bool compareMembers (individual member, individual member2){
 204
 205   if(member.abundance < member2.abundance){
 206     return true;   }
 207   else{
 208         return false;
 209   }
 210 }
 211
 212 /***********************************************************************/
 213 SharedRAbundVector SharedSAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 214         try {
 215                 SharedRAbundVector rav;
 216
 217                 int binNumber = 0;
 218                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 219                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 220                                 rav.push_back(i, binNumber, data[i].group);
 221                                 binNumber++;
 222                         }
 223                 }
 224                 sort(rav.rbegin(), rav.rend(), compareMembers);
 225
 226                 rav.setLabel(label);
 227                 rav.setGroup(group);
 228
 229                 return rav;
 230         }
 231         catch(exception& e) {
 232                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 233                 exit(1);
 234         }
 235         catch(...) {
 236                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 237                 exit(1);
 238         }
 239 }
 240
 241
 242 /***********************************************************************/
 243
 244 SharedSAbundVector SharedSAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 245         return *this;
 246 }
 247
 248 /***********************************************************************/
 249 SharedOrderVector SharedSAbundVector::getSharedOrderVector() {
 250         try {
 251                 SharedRAbundVector rav;
 252                 SharedOrderVector ov;
 253
 254                 rav = this->getSharedRAbundVector();
 255                 ov = rav.getSharedOrderVector();
 256
 257                 return ov;
 258         }
 259         catch(exception& e) {
 260                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 261                 exit(1);
 262         }
 263         catch(...) {
 264                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 265                 exit(1);
 266         }
 267 }
 268 /***********************************************************************/
 269 OrderVector SharedSAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 270         try {
 271                 OrderVector ov;
 272
 273                 int binIndex = 0;
 274
 275                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 276                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 277                                 for(int k=0;k<i;k++){
 278                                         ov.push_back(binIndex);
 279                                 }
 280                                 binIndex++;
 281                         }
 282                 }
 283
 284                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 285
 286                 ov.setLabel(label);
 287                 ov.getNumBins();
 288                 return ov;
 289         }
 290         catch(exception& e) {
 291                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 292                 exit(1);
 293         }
 294         catch(...) {
 295                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 296                 exit(1);
 297         }
 298 }
 299
 300 /***********************************************************************/
 301