sharedsabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedSharedSAbundVector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/10/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedsabundvector.h"
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12
  13
  14 /***********************************************************************/
  15
  16 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){}
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector(int size) :      DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  21                 individual newGuy;
  22                 //initialize data
  23                 for (int i=0; i< size; i++) {
  24                         newGuy.bin = i;
  25                         newGuy.abundance = 0;
  26                         data.push_back(newGuy);
  27                 }
  28 }
  29
  30 /***********************************************************************/
  31
  32 void SharedSAbundVector::set(int bin, int abundance, string groupName){
  33         try {
  34
  35                 int initSize = data[bin].abundance;
  36                 data[bin].abundance = abundance;
  37                 data[bin].group = groupName;
  38
  39                 if(bin != 0){
  40                         numBins += (abundance - initSize);
  41                 }
  42
  43                 numSeqs += bin * (abundance - initSize);
  44
  45                 if(bin > maxRank)       {       maxRank = bin;          }
  46         }
  47         catch(exception& e) {
  48                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51         catch(...) {
  52                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  53                 exit(1);
  54         }
  55 }
  56
  57 /***********************************************************************/
  58
  59 individual SharedSAbundVector::get(int index){
  60         return data[index];
  61 }
  62 /***********************************************************************/
  63
  64 int SharedSAbundVector::getAbundance(int index){
  65         return data[index].abundance;
  66 }
  67
  68 /***********************************************************************/
  69
  70 void SharedSAbundVector::push_back(int abundance, int bin, string groupName){
  71         try {
  72                 individual newGuy;
  73                 newGuy.abundance = abundance;
  74                 newGuy.bin = bin;
  75                 newGuy.group = groupName;
  76
  77                 data.push_back(newGuy);
  78
  79                 maxRank++;
  80
  81                 numBins += abundance;
  82
  83                 numSeqs += (maxRank * abundance);
  84         }
  85         catch(exception& e) {
  86                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  87                 exit(1);
  88         }
  89         catch(...) {
  90                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  91                 exit(1);
  92         }
  93 }
  94
  95 /***********************************************************************/
  96
  97 void SharedSAbundVector::resize(int size){
  98         data.resize(size);
  99 }
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 int SharedSAbundVector::size(){
 104         return data.size();
 105 }
 106
 107 /***********************************************************************/
 108 void SharedSAbundVector::print(ostream& output){
 109         try {
 110                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 111
 112                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 113                         output << data[i].abundance << '\t';
 114                 }
 115                 output << endl;
 116         }
 117         catch(exception& e) {
 118                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 119                 exit(1);
 120         }
 121         catch(...) {
 122                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 123                 exit(1);
 124         }
 125 }
 126 /***********************************************************************/
 127 string SharedSAbundVector::getGroup(){
 128         return group;
 129 }
 130
 131 /***********************************************************************/
 132
 133 void SharedSAbundVector::setGroup(string groupName){
 134         group = groupName;
 135 }
 136
 137 /**********************************************************************/
 138 int SharedSAbundVector::getNumBins(){
 139         return numBins;
 140 }
 141
 142 /***********************************************************************/
 143
 144 int SharedSAbundVector::getNumSeqs(){
 145         return numSeqs;
 146 }
 147
 148 /***********************************************************************/
 149
 150 int SharedSAbundVector::getMaxRank(){
 151         return maxRank;
 152 }
 153 /***********************************************************************/
 154 RAbundVector SharedSAbundVector::getRAbundVector(){
 155         try {
 156                 RAbundVector rav;
 157
 158                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 159                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 160                                 rav.push_back(i);
 161                         }
 162                 }
 163                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 164
 165                 rav.setLabel(label);
 166                 return rav;
 167         }
 168         catch(exception& e) {
 169                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 170                 exit(1);
 171         }
 172         catch(...) {
 173                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 174                 exit(1);
 175         }
 176 }
 177 /***********************************************************************/
 178 SAbundVector SharedSAbundVector::getSAbundVector(){
 179         try {
 180                 RAbundVector rav;
 181                 SAbundVector sav;
 182
 183                 rav = getRAbundVector();
 184                 sav = rav.getSAbundVector();
 185                 return sav;
 186
 187         }
 188         catch(exception& e) {
 189                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 190                 exit(1);
 191         }
 192         catch(...) {
 193                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 194                 exit(1);
 195         }
 196 }
 197
 198 /***********************************************************************/
 199
 200 bool compareMembers (individual member, individual member2){
 201
 202   if(member.abundance < member2.abundance){
 203     return true;   }
 204   else{
 205         return false;
 206   }
 207 }
 208
 209 /***********************************************************************/
 210 SharedRAbundVector SharedSAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 211         try {
 212                 SharedRAbundVector rav;
 213
 214                 int binNumber = 0;
 215                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 216                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 217                                 rav.push_back(i, binNumber, data[i].group);
 218                                 binNumber++;
 219                         }
 220                 }
 221                 sort(rav.rbegin(), rav.rend(), compareMembers);
 222
 223                 rav.setLabel(label);
 224                 rav.setGroup(group);
 225
 226                 return rav;
 227         }
 228         catch(exception& e) {
 229                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 230                 exit(1);
 231         }
 232         catch(...) {
 233                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 234                 exit(1);
 235         }
 236 }
 237
 238
 239 /***********************************************************************/
 240
 241 SharedSAbundVector SharedSAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 242         return *this;
 243 }
 244
 245 /***********************************************************************/
 246 SharedOrderVector SharedSAbundVector::getSharedOrderVector() {
 247         try {
 248                 SharedRAbundVector rav;
 249                 SharedOrderVector ov;
 250
 251                 rav = this->getSharedRAbundVector();
 252                 ov = rav.getSharedOrderVector();
 253
 254                 ov.updateStats();
 255
 256                 return ov;
 257         }
 258         catch(exception& e) {
 259                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 260                 exit(1);
 261         }
 262         catch(...) {
 263                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 264                 exit(1);
 265         }
 266 }
 267 /***********************************************************************/
 268 OrderVector SharedSAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 269         try {
 270                 OrderVector ov;
 271
 272                 int binIndex = 0;
 273
 274                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 275                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 276                                 for(int k=0;k<i;k++){
 277                                         ov.push_back(binIndex);
 278                                 }
 279                                 binIndex++;
 280                         }
 281                 }
 282
 283                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 284
 285                 ov.setLabel(label);
 286                 ov.getNumBins();
 287                 return ov;
 288         }
 289         catch(exception& e) {
 290                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 291                 exit(1);
 292         }
 293         catch(...) {
 294                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 295                 exit(1);
 296         }
 297 }
 298
 299 /***********************************************************************/
 300