sharedsabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedSharedSAbundVector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/10/08.
   6  *  Copyright 2008 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedsabundvector.h"
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "datavector.hpp"
  13 #include "utilities.hpp"
  14 #include <exception>
  15
  16 using namespace std;
  17
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector(int size) :      DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  26                 individual newGuy;
  27                 //initialize data
  28                 for (int i=0; i< size; i++) {
  29                         newGuy.bin = i;
  30                         newGuy.abundance = 0;
  31                         data.push_back(newGuy);
  32                 }
  33 };
  34
  35 /***********************************************************************/
  36
  37 void SharedSAbundVector::set(int bin, int abundance, string groupName){
  38         try {
  39
  40                 int initSize = data[bin].abundance;
  41                 data[bin].abundance = abundance;
  42                 data[bin].group = groupName;
  43
  44                 if(bin != 0){
  45                         numBins += (abundance - initSize);
  46                 }
  47
  48                 numSeqs += bin * (abundance - initSize);
  49
  50                 if(bin > maxRank)       {       maxRank = bin;          }
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60 }
  61
  62 /***********************************************************************/
  63
  64 individual SharedSAbundVector::get(int index){
  65         return data[index];
  66 }
  67 /***********************************************************************/
  68
  69 int SharedSAbundVector::getAbundance(int index){
  70         return data[index].abundance;
  71 }
  72
  73 /***********************************************************************/
  74
  75 void SharedSAbundVector::push_back(int abundance, int bin, string groupName){
  76         try {
  77                 individual newGuy;
  78                 newGuy.abundance = abundance;
  79                 newGuy.bin = bin;
  80                 newGuy.group = groupName;
  81
  82                 data.push_back(newGuy);
  83
  84                 maxRank++;
  85
  86                 numBins += abundance;
  87
  88                 numSeqs += (maxRank * abundance);
  89         }
  90         catch(exception& e) {
  91                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  92                 exit(1);
  93         }
  94         catch(...) {
  95                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  96                 exit(1);
  97         }
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 void SharedSAbundVector::resize(int size){
 103         data.resize(size);
 104 }
 105
 106 /***********************************************************************/
 107
 108 int SharedSAbundVector::size(){
 109         return data.size();
 110 }
 111
 112 /***********************************************************************/
 113 void SharedSAbundVector::print(ostream& output){
 114         try {
 115                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 116
 117                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 118                         output << data[i].abundance << '\t';
 119                 }
 120                 output << endl;
 121         }
 122         catch(exception& e) {
 123                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 124                 exit(1);
 125         }
 126         catch(...) {
 127                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 128                 exit(1);
 129         }
 130 }
 131 /***********************************************************************/
 132 string SharedSAbundVector::getGroup(){
 133         return group;
 134 }
 135
 136 /***********************************************************************/
 137
 138 void SharedSAbundVector::setGroup(string groupName){
 139         group = groupName;
 140 }
 141
 142 /**********************************************************************/
 143 int SharedSAbundVector::getNumBins(){
 144         return numBins;
 145 }
 146
 147 /***********************************************************************/
 148
 149 int SharedSAbundVector::getNumSeqs(){
 150         return numSeqs;
 151 }
 152
 153 /***********************************************************************/
 154
 155 int SharedSAbundVector::getMaxRank(){
 156         return maxRank;
 157 }
 158 /***********************************************************************/
 159 RAbundVector SharedSAbundVector::getRAbundVector(){
 160         try {
 161                 RAbundVector rav;
 162
 163                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 164                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 165                                 rav.push_back(i);
 166                         }
 167                 }
 168                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 169
 170                 rav.setLabel(label);
 171                 return rav;
 172         }
 173         catch(exception& e) {
 174                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 175                 exit(1);
 176         }
 177         catch(...) {
 178                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 179                 exit(1);
 180         }
 181 }
 182 /***********************************************************************/
 183 SAbundVector SharedSAbundVector::getSAbundVector(){
 184         try {
 185                 RAbundVector rav;
 186                 SAbundVector sav;
 187
 188                 rav = getRAbundVector();
 189                 sav = rav.getSAbundVector();
 190                 return sav;
 191
 192         }
 193         catch(exception& e) {
 194                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 195                 exit(1);
 196         }
 197         catch(...) {
 198                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 199                 exit(1);
 200         }
 201 }
 202
 203 /***********************************************************************/
 204
 205 bool compareMembers (individual member, individual member2){
 206
 207   if(member.abundance < member2.abundance){
 208     return true;   }
 209   else{
 210         return false;
 211   }
 212 }
 213
 214 /***********************************************************************/
 215 SharedRAbundVector SharedSAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 216         try {
 217                 SharedRAbundVector rav;
 218
 219                 int binNumber = 0;
 220                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 221                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 222                                 rav.push_back(i, binNumber, data[i].group);
 223                                 binNumber++;
 224                         }
 225                 }
 226                 sort(rav.rbegin(), rav.rend(), compareMembers);
 227
 228                 rav.setLabel(label);
 229                 rav.setGroup(group);
 230
 231                 return rav;
 232         }
 233         catch(exception& e) {
 234                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 235                 exit(1);
 236         }
 237         catch(...) {
 238                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 239                 exit(1);
 240         }
 241 }
 242
 243
 244 /***********************************************************************/
 245
 246 SharedSAbundVector SharedSAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 247         return *this;
 248 }
 249
 250 /***********************************************************************/
 251 SharedOrderVector SharedSAbundVector::getSharedOrderVector() {
 252         try {
 253                 SharedRAbundVector rav;
 254                 SharedOrderVector ov;
 255
 256                 rav = this->getSharedRAbundVector();
 257                 ov = rav.getSharedOrderVector();
 258
 259                 return ov;
 260         }
 261         catch(exception& e) {
 262                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 263                 exit(1);
 264         }
 265         catch(...) {
 266                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 267                 exit(1);
 268         }
 269 }
 270 /***********************************************************************/
 271 OrderVector SharedSAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 272         try {
 273                 OrderVector ov;
 274
 275                 int binIndex = 0;
 276
 277                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 278                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 279                                 for(int k=0;k<i;k++){
 280                                         ov.push_back(binIndex);
 281                                 }
 282                                 binIndex++;
 283                         }
 284                 }
 285
 286                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 287
 288                 ov.setLabel(label);
 289                 ov.getNumBins();
 290                 return ov;
 291         }
 292         catch(exception& e) {
 293                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 294                 exit(1);
 295         }
 296         catch(...) {
 297                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 298                 exit(1);
 299         }
 300 }
 301
 302 /***********************************************************************/
 303