sharedsabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedSharedSAbundVector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/10/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedsabundvector.h"
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12
  13 using namespace std;
  14
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 SharedSAbundVector::SharedSAbundVector(int size) :      DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  23                 individual newGuy;
  24                 //initialize data
  25                 for (int i=0; i< size; i++) {
  26                         newGuy.bin = i;
  27                         newGuy.abundance = 0;
  28                         data.push_back(newGuy);
  29                 }
  30 };
  31
  32 /***********************************************************************/
  33
  34 void SharedSAbundVector::set(int bin, int abundance, string groupName){
  35         try {
  36
  37                 int initSize = data[bin].abundance;
  38                 data[bin].abundance = abundance;
  39                 data[bin].group = groupName;
  40
  41                 if(bin != 0){
  42                         numBins += (abundance - initSize);
  43                 }
  44
  45                 numSeqs += bin * (abundance - initSize);
  46
  47                 if(bin > maxRank)       {       maxRank = bin;          }
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53         catch(...) {
  54                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57 }
  58
  59 /***********************************************************************/
  60
  61 individual SharedSAbundVector::get(int index){
  62         return data[index];
  63 }
  64 /***********************************************************************/
  65
  66 int SharedSAbundVector::getAbundance(int index){
  67         return data[index].abundance;
  68 }
  69
  70 /***********************************************************************/
  71
  72 void SharedSAbundVector::push_back(int abundance, int bin, string groupName){
  73         try {
  74                 individual newGuy;
  75                 newGuy.abundance = abundance;
  76                 newGuy.bin = bin;
  77                 newGuy.group = groupName;
  78
  79                 data.push_back(newGuy);
  80
  81                 maxRank++;
  82
  83                 numBins += abundance;
  84
  85                 numSeqs += (maxRank * abundance);
  86         }
  87         catch(exception& e) {
  88                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  89                 exit(1);
  90         }
  91         catch(...) {
  92                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  93                 exit(1);
  94         }
  95 }
  96
  97 /***********************************************************************/
  98
  99 void SharedSAbundVector::resize(int size){
 100         data.resize(size);
 101 }
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 int SharedSAbundVector::size(){
 106         return data.size();
 107 }
 108
 109 /***********************************************************************/
 110 void SharedSAbundVector::print(ostream& output){
 111         try {
 112                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 113
 114                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 115                         output << data[i].abundance << '\t';
 116                 }
 117                 output << endl;
 118         }
 119         catch(exception& e) {
 120                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 121                 exit(1);
 122         }
 123         catch(...) {
 124                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 125                 exit(1);
 126         }
 127 }
 128 /***********************************************************************/
 129 string SharedSAbundVector::getGroup(){
 130         return group;
 131 }
 132
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 void SharedSAbundVector::setGroup(string groupName){
 136         group = groupName;
 137 }
 138
 139 /**********************************************************************/
 140 int SharedSAbundVector::getNumBins(){
 141         return numBins;
 142 }
 143
 144 /***********************************************************************/
 145
 146 int SharedSAbundVector::getNumSeqs(){
 147         return numSeqs;
 148 }
 149
 150 /***********************************************************************/
 151
 152 int SharedSAbundVector::getMaxRank(){
 153         return maxRank;
 154 }
 155 /***********************************************************************/
 156 RAbundVector SharedSAbundVector::getRAbundVector(){
 157         try {
 158                 RAbundVector rav;
 159
 160                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 161                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 162                                 rav.push_back(i);
 163                         }
 164                 }
 165                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 166
 167                 rav.setLabel(label);
 168                 return rav;
 169         }
 170         catch(exception& e) {
 171                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 172                 exit(1);
 173         }
 174         catch(...) {
 175                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 176                 exit(1);
 177         }
 178 }
 179 /***********************************************************************/
 180 SAbundVector SharedSAbundVector::getSAbundVector(){
 181         try {
 182                 RAbundVector rav;
 183                 SAbundVector sav;
 184
 185                 rav = getRAbundVector();
 186                 sav = rav.getSAbundVector();
 187                 return sav;
 188
 189         }
 190         catch(exception& e) {
 191                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 192                 exit(1);
 193         }
 194         catch(...) {
 195                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 196                 exit(1);
 197         }
 198 }
 199
 200 /***********************************************************************/
 201
 202 bool compareMembers (individual member, individual member2){
 203
 204   if(member.abundance < member2.abundance){
 205     return true;   }
 206   else{
 207         return false;
 208   }
 209 }
 210
 211 /***********************************************************************/
 212 SharedRAbundVector SharedSAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 213         try {
 214                 SharedRAbundVector rav;
 215
 216                 int binNumber = 0;
 217                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 218                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 219                                 rav.push_back(i, binNumber, data[i].group);
 220                                 binNumber++;
 221                         }
 222                 }
 223                 sort(rav.rbegin(), rav.rend(), compareMembers);
 224
 225                 rav.setLabel(label);
 226                 rav.setGroup(group);
 227
 228                 return rav;
 229         }
 230         catch(exception& e) {
 231                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 232                 exit(1);
 233         }
 234         catch(...) {
 235                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 236                 exit(1);
 237         }
 238 }
 239
 240
 241 /***********************************************************************/
 242
 243 SharedSAbundVector SharedSAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 244         return *this;
 245 }
 246
 247 /***********************************************************************/
 248 SharedOrderVector SharedSAbundVector::getSharedOrderVector() {
 249         try {
 250                 SharedRAbundVector rav;
 251                 SharedOrderVector ov;
 252
 253                 rav = this->getSharedRAbundVector();
 254                 ov = rav.getSharedOrderVector();
 255
 256                 ov.updateStats();
 257
 258                 return ov;
 259         }
 260         catch(exception& e) {
 261                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 262                 exit(1);
 263         }
 264         catch(...) {
 265                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getSharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 266                 exit(1);
 267         }
 268 }
 269 /***********************************************************************/
 270 OrderVector SharedSAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 271         try {
 272                 OrderVector ov;
 273
 274                 int binIndex = 0;
 275
 276                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 277                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 278                                 for(int k=0;k<i;k++){
 279                                         ov.push_back(binIndex);
 280                                 }
 281                                 binIndex++;
 282                         }
 283                 }
 284
 285                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 286
 287                 ov.setLabel(label);
 288                 ov.getNumBins();
 289                 return ov;
 290         }
 291         catch(exception& e) {
 292                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 293                 exit(1);
 294         }
 295         catch(...) {
 296                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 297                 exit(1);
 298         }
 299 }
 300
 301 /***********************************************************************/
 302