sharedrabundvector.h

   1 #ifndef SHAREDRABUNDVECTOR_H
   2 #define SHAREDRABUNDVECTOR_H
   3
   4 /*
   5  *  sharedrabundvector.h
   6  *  Dotur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   9  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "datavector.hpp"
  14 #include "sharedordervector.h"
  15 #include "sharedsabundvector.h"
  16 #include "rabundvector.hpp"
  17
  18 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  19         It is similiar to an rabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  20         Each member of the internal container "data" is a struct of type individual.
  21         An individual which knows the OTU from which it came,
  22         the group it is in and its abundance.  */
  23
  24
  25
  26 class SharedRAbundVector : public DataVector {
  27
  28 public:
  29         SharedRAbundVector();
  30         SharedRAbundVector(int);
  31         //SharedRAbundVector(string, vector<int>);
  32         SharedRAbundVector(const SharedRAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  33     //SharedRAbundVector(ifstream&);
  34         ~SharedRAbundVector();
  35
  36         int getNumBins();
  37         int getNumSeqs();
  38         int getMaxRank();
  39         string getGroup();
  40         void setGroup(string);
  41         int getGroupIndex();
  42         void setGroupIndex(int);
  43
  44         void set(int, int, string);                     //OTU, abundance, groupname
  45         void setData(vector <individual>);
  46         individual get(int);
  47         vector <individual> getData();
  48         int getAbundance(int);
  49         int numNZ();
  50         void sortD();  //Sorts the data in descending order.
  51         void push_back(int, int, string);  //abundance, OTU, groupname
  52         void pop_back();
  53         void resize(int);
  54         int size();
  55         vector<individual>::reverse_iterator rbegin();
  56         vector<individual>::reverse_iterator rend();
  57
  58         void print(ostream&);
  59
  60         RAbundVector getRAbundVector();
  61         RAbundVector getRAbundVector2();
  62         SAbundVector getSAbundVector();
  63         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  64         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  65         SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  66         SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  67
  68 private:
  69         vector<individual>  data;
  70         int maxRank;
  71         int numBins;
  72         int numSeqs;
  73         string group;
  74         int index;
  75 };
  76
  77
  78 #endif
  79