sharedrabundvector.h

   1 #ifndef SHAREDRABUNDVECTOR_H
   2 #define SHAREDRABUNDVECTOR_H
   3
   4 /*
   5  *  sharedrabundvector.h
   6  *  Dotur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   9  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "datavector.hpp"
  14 #include "sharedordervector.h"
  15 #include "sharedsabundvector.h"
  16 #include "rabundvector.hpp"
  17 #include "groupmap.h"
  18
  19 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  20         It is similiar to an rabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  21         Each member of the internal container "data" is a struct of type individual.
  22         An individual which knows the OTU from which it came,
  23         the group it is in and its abundance.  */
  24
  25 class GlobalData;
  26
  27 class SharedRAbundVector : public DataVector {
  28
  29 public:
  30         SharedRAbundVector();
  31         SharedRAbundVector(int);
  32         //SharedRAbundVector(string, vector<int>);
  33         SharedRAbundVector(const SharedRAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs), group(bv.group), index(bv.index){};
  34     SharedRAbundVector(ifstream&);
  35         ~SharedRAbundVector();
  36
  37         int getNumBins();
  38         int getNumSeqs();
  39         int getMaxRank();
  40         string getGroup();
  41         void setGroup(string);
  42         int getGroupIndex();
  43         void setGroupIndex(int);
  44
  45         void set(int, int, string);                     //OTU, abundance, groupname
  46         void setData(vector <individual>);
  47         individual get(int);
  48         vector <individual> getData();
  49         int getAbundance(int);
  50         int numNZ();
  51         void sortD();  //Sorts the data in descending order.
  52         void push_front(int, int, string); //abundance, otu, groupname
  53         void insert(int, int, string); //abundance, otu, groupname
  54         void push_back(int, string);  //abundance, groupname
  55         void pop_back();
  56         void resize(int);
  57         int size();
  58         void clear();
  59         vector<individual>::reverse_iterator rbegin();
  60         vector<individual>::reverse_iterator rend();
  61
  62         void print(ostream&);
  63
  64         RAbundVector getRAbundVector();
  65         RAbundVector getRAbundVector2();
  66         SAbundVector getSAbundVector();
  67         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  68         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  69         SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  70         SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  71         vector<SharedRAbundVector*> getSharedRAbundVectors();
  72
  73 private:
  74         vector<individual>  data;
  75         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  76         GlobalData* globaldata;
  77         GroupMap* groupmap;
  78         int maxRank;
  79         int numBins;
  80         int numSeqs;
  81         string group;
  82         int index;
  83 };
  84
  85
  86 #endif
  87