sharedrabundvector.h

   1 #ifndef SHAREDRABUNDVECTOR_H
   2 #define SHAREDRABUNDVECTOR_H
   3
   4 /*
   5  *  sharedrabundvector.h
   6  *  Dotur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   9  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include <Carbon/Carbon.h>
  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "sharedordervector.h"
  16 #include "sharedsabundvector.h"
  17 #include "rabundvector.hpp"
  18
  19 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  20         It is similiar to an rabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  21         Each member of the internal container "data" is a struct of type individual.
  22         An individual which knows the OTU from which it came,
  23         the group it is in and its abundance.  */
  24
  25
  26
  27 class SharedRAbundVector : public DataVector {
  28
  29 public:
  30         SharedRAbundVector();
  31         SharedRAbundVector(int);
  32         //SharedRAbundVector(string, vector<int>);
  33         SharedRAbundVector(const SharedRAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  34 //      SharedRAbundVector(ifstream&);
  35         ~SharedRAbundVector();
  36
  37         int getNumBins();
  38         int getNumSeqs();
  39         int getMaxRank();
  40         string getGroup();
  41         void setGroup(string);
  42
  43         void set(int, int, string);                     //OTU, abundance, groupname
  44         individual get(int);
  45         int getAbundance(int);
  46         void push_back(int, int, string);  //abundance, OTU, groupname
  47         void pop_back();
  48         void resize(int);
  49         int size();
  50         vector<individual>::reverse_iterator rbegin();
  51         vector<individual>::reverse_iterator rend();
  52
  53         void print(ostream&);
  54
  55         RAbundVector getRAbundVector();
  56         SAbundVector getSAbundVector();
  57         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  58         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  59         SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  60         SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  61
  62 private:
  63         vector<individual>  data;
  64         int maxRank;
  65         int numBins;
  66         int numSeqs;
  67         string group;
  68 };
  69
  70
  71 #endif
  72