sharedrabundvector.h

   1 #ifndef SHAREDRABUNDVECTOR_H
   2 #define SHAREDRABUNDVECTOR_H
   3
   4 /*
   5  *  sharedrabundvector.h
   6  *  Dotur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   9  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "datavector.hpp"
  14 #include "sharedordervector.h"
  15 #include "sharedsabundvector.h"
  16 #include "sharedrabundfloatvector.h"
  17 #include "rabundvector.hpp"
  18 //#include "groupmap.h"
  19
  20 /*  DataStructure for a shared file.
  21         This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  22         It is similiar to an rabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  23         Each member of the internal container "data" is a struct of type individual.
  24         An individual which knows the OTU from which it came,
  25         the group it is in and its abundance.  */
  26
  27
  28 class SharedRAbundVector : public DataVector {
  29
  30 public:
  31         SharedRAbundVector();
  32         SharedRAbundVector(int);
  33         //SharedRAbundVector(string, vector<int>);
  34         SharedRAbundVector(const SharedRAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs), group(bv.group), index(bv.index){};
  35     SharedRAbundVector(ifstream&);
  36         ~SharedRAbundVector();
  37
  38         int getNumBins();
  39         int getNumSeqs();
  40         int getMaxRank();
  41         string getGroup();
  42         void setGroup(string);
  43         string getBinLabel();
  44         void setBinLabel(string);
  45         int getGroupIndex();
  46         void setGroupIndex(int);
  47
  48         void set(int, int, string);                     //OTU, abundance, groupname
  49         void setData(vector <individual>);
  50         individual get(int);
  51         vector <individual> getData();
  52         int getAbundance(int);
  53     vector<int> getAbundances();
  54         int numNZ();
  55         void sortD();  //Sorts the data in descending order.
  56         void push_front(int, int, string); //abundance, otu, groupname
  57         void insert(int, int, string); //abundance, otu, groupname
  58         void push_back(int, string);  //abundance, groupname
  59         void pop_back();
  60         void resize(int);
  61         int size();
  62         void clear();
  63         vector<individual>::reverse_iterator rbegin();
  64         vector<individual>::reverse_iterator rend();
  65
  66         void print(ostream&);
  67         void printHeaders(ostream&);
  68
  69         RAbundVector getRAbundVector();
  70         RAbundVector getRAbundVector2();
  71         SAbundVector getSAbundVector();
  72         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  73         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  74         SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  75         SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  76         vector<SharedRAbundVector*> getSharedRAbundVectors();
  77         vector<SharedRAbundFloatVector*> getSharedRAbundFloatVectors(vector<SharedRAbundVector*>);
  78
  79 private:
  80         vector<individual>  data;
  81         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  82         //GlobalData* globaldata;
  83         //GroupMap* groupmap;
  84         int maxRank;
  85         int numBins;
  86         int numSeqs;
  87         string group;
  88         int index;
  89
  90         int eliminateZeroOTUS(vector<SharedRAbundVector*>&);
  91 };
  92
  93
  94 #endif
  95