sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "utilities.hpp"
  16 #include <exception>
  17 #include "sharedrabundvector.h"
  18 #include "sabundvector.hpp"
  19 #include "ordervector.hpp"
  20
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  29                 individual newGuy;
  30                 //initialize data
  31                 for (int i=0; i< n; i++) {
  32                         newGuy.bin = i;
  33                         newGuy.abundance = 0;
  34                         data.push_back(newGuy);
  35                 }
  36 };
  37
  38 /***********************************************************************
  39
  40 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  41         try {
  42                 numBins = 0;
  43                 maxRank = 0;
  44                 numSeqs = 0;
  45
  46                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  47                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  48                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  49                         numSeqs += data[i].abundance;
  50                 }
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60 }
  61
  62
  63 /***********************************************************************
  64
  65
  66 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  67         try {
  68                 int i, hold;
  69                 individual newGuy;
  70
  71                 f >> label >> hold;
  72
  73                 //initialize data
  74                 for (i=0; i<hold; i++) {
  75                         newGuy = new individual;
  76                         newGuy.abundance = 0;
  77                         newGuy.bin = i;
  78                         data.push_back(newGuy);
  79                 }
  80                 int inputData;
  81
  82                 for(int i=0;i<hold;i++){
  83                         f >> inputData;
  84                         set(i, inputData);
  85                 }
  86         }
  87         catch(exception& e) {
  88                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  89                 exit(1);
  90         }
  91         catch(...) {
  92                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  93                 exit(1);
  94         }
  95 }
  96
  97 /***********************************************************************/
  98
  99 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
 100
 101 }
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 106         try {
 107                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 108                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 109                 data[binNumber].group = groupname;
 110
 111                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 112
 113                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 114         }
 115         catch(exception& e) {
 116                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 117                 exit(1);
 118         }
 119         catch(...) {
 120                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 121                 exit(1);
 122         }
 123 }
 124
 125 /***********************************************************************/
 126
 127 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 128         return data[index].abundance;
 129
 130 }
 131
 132 /***********************************************************************/
 133
 134 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 135         return data[index];
 136
 137 }
 138
 139 /***********************************************************************/
 140
 141 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 142         try {
 143                 individual newGuy;
 144                 newGuy.abundance = binSize;
 145                 newGuy.group = groupName;
 146                 newGuy.bin = otu;
 147
 148                 data.push_back(newGuy);
 149                 numBins++;
 150
 151                 if(binSize > maxRank){
 152                         maxRank = binSize;
 153                 }
 154
 155                 numSeqs += binSize;
 156         }
 157         catch(exception& e) {
 158                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 159                 exit(1);
 160         }
 161         catch(...) {
 162                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 163                 exit(1);
 164         }
 165 }
 166
 167 /***********************************************************************/
 168
 169 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 170
 171         return data.pop_back();
 172 }
 173
 174 /***********************************************************************/
 175
 176
 177 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 178         return data.rbegin();
 179 }
 180
 181 /***********************************************************************/
 182
 183 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 184         return data.rend();
 185 }
 186
 187 /***********************************************************************/
 188 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 189
 190         data.resize(size);
 191 }
 192
 193 /***********************************************************************/
 194
 195 int SharedRAbundVector::size(){
 196         return data.size();
 197 }
 198
 199 /***********************************************************************/
 200 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 201         try {
 202                 output << numBins << '\t';
 203
 204                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 205                 output << endl;
 206         }
 207         catch(exception& e) {
 208                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 209                 exit(1);
 210         }
 211         catch(...) {
 212                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 213                 exit(1);
 214         }
 215 }
 216 /***********************************************************************/
 217 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 218         return group;
 219 }
 220
 221 /***********************************************************************/
 222
 223 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 224         group = groupName;
 225 }
 226
 227 /***********************************************************************/
 228 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 229         return numBins;
 230 }
 231
 232 /***********************************************************************/
 233
 234 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 235         return numSeqs;
 236 }
 237
 238 /***********************************************************************/
 239
 240 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 241         return maxRank;
 242 }
 243
 244 /***********************************************************************/
 245
 246 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 247         return *this;
 248 }
 249 /***********************************************************************/
 250
 251 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 252         try {
 253                 RAbundVector rav(data.size());
 254
 255                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 256                         rav.set(i, data[i].abundance);
 257                 }
 258
 259                 return rav;
 260         }
 261         catch(exception& e) {
 262                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 263                 exit(1);
 264         }
 265         catch(...) {
 266                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 267                 exit(1);
 268         }
 269 }
 270
 271 /***********************************************************************/
 272
 273 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 274         try {
 275                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 276
 277                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 278                         int abund = data[i].abundance;
 279                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 280                 }
 281
 282                 sav.set(0, 0, group);
 283                 sav.setLabel(label);
 284                 sav.setGroup(group);
 285
 286                 return sav;
 287         }
 288         catch(exception& e) {
 289                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 290                 exit(1);
 291         }
 292         catch(...) {
 293                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 294                 exit(1);
 295         }
 296 }
 297 /***********************************************************************/
 298
 299 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 300         try {
 301                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 302
 303                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 304                         int abund = data[i].abundance;
 305                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 306                 }
 307                 sav.set(0, 0);
 308                 sav.setLabel(label);
 309                 return sav;
 310         }
 311         catch(exception& e) {
 312                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 313                 exit(1);
 314         }
 315         catch(...) {
 316                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 317                 exit(1);
 318         }
 319 }
 320
 321 /***********************************************************************/
 322
 323 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 324         try {
 325                 SharedOrderVector ov;
 326
 327                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 328                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 329                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 330                         }
 331                 }
 332                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 333
 334                 ov.setLabel(label);
 335                 return ov;
 336         }
 337         catch(exception& e) {
 338                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 339                 exit(1);
 340         }
 341         catch(...) {
 342                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 343                 exit(1);
 344         }
 345 }
 346 /***********************************************************************/
 347
 348 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 349         try {
 350                 OrderVector ov;
 351
 352                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 353                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 354                                 ov.push_back(i);
 355                         }
 356                 }
 357                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 358
 359                 ov.setLabel(label);
 360                 return ov;
 361         }
 362         catch(exception& e) {
 363                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 364                 exit(1);
 365         }
 366         catch(...) {
 367                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 368                 exit(1);
 369         }
 370 }
 371
 372 /***********************************************************************/
 373