sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "utilities.hpp"
  15 #include "sabundvector.hpp"
  16 #include "ordervector.hpp"
  17 #include <algorithm>
  18
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  23
  24 /***********************************************************************/
  25
  26 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  27                 individual newGuy;
  28                 //initialize data
  29                 for (int i=0; i< n; i++) {
  30                         newGuy.bin = i;
  31                         newGuy.abundance = 0;
  32                         data.push_back(newGuy);
  33                 }
  34 };
  35
  36 /***********************************************************************
  37
  38 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  39         try {
  40                 numBins = 0;
  41                 maxRank = 0;
  42                 numSeqs = 0;
  43
  44                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  45                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  46                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  47                         numSeqs += data[i].abundance;
  48                 }
  49         }
  50         catch(exception& e) {
  51                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54         catch(...) {
  55                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  56                 exit(1);
  57         }
  58 }
  59
  60
  61 /***********************************************************************
  62
  63
  64 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  65         try {
  66                 int i, num;
  67                 string holdLabel, group
  68                 individual newGuy;
  69
  70                 f >> label >> group >> num;
  71
  72                 //initialize data
  73                 for (i=0; i<hold; i++) {
  74                         newGuy = new individual;
  75                         newGuy.abundance = 0;
  76                         newGuy.bin = i;
  77                         data.push_back(newGuy);
  78                 }
  79                 int inputData;
  80
  81                 for(int i=0;i<hold;i++){
  82                         f >> inputData;
  83                         set(i, inputData);
  84                 }
  85         }
  86         catch(exception& e) {
  87                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  88                 exit(1);
  89         }
  90         catch(...) {
  91                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  92                 exit(1);
  93         }
  94 }
  95
  96 /***********************************************************************/
  97
  98 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
  99
 100 }
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 105         try {
 106                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 107                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 108                 data[binNumber].group = groupname;
 109
 110                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 111
 112                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 113         }
 114         catch(exception& e) {
 115                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 116                 exit(1);
 117         }
 118         catch(...) {
 119                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 120                 exit(1);
 121         }
 122 }
 123 /***********************************************************************/
 124
 125 void SharedRAbundVector::setData(vector <individual> newData){
 126         data = newData;
 127 }
 128
 129 /***********************************************************************/
 130
 131 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 132         return data[index].abundance;
 133
 134 }
 135 /***********************************************************************/
 136
 137 int SharedRAbundVector::numNZ(){
 138         int sum = 0;
 139         for(int i = 1; i < numBins; i++)
 140                 if(data[i].abundance > 0)
 141                         sum++;
 142         return sum;
 143 }
 144 /***********************************************************************/
 145
 146 void SharedRAbundVector::sortD(){
 147         struct individual indObj;
 148         sort(data.begin()+1, data.end(), indObj);
 149 }
 150 /***********************************************************************/
 151
 152 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 153         return data[index];
 154
 155 }
 156 /***********************************************************************/
 157
 158 vector <individual> SharedRAbundVector::getData(){
 159         return data;
 160 }
 161 /***********************************************************************/
 162
 163 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 164         try {
 165                 individual newGuy;
 166                 newGuy.abundance = binSize;
 167                 newGuy.group = groupName;
 168                 newGuy.bin = otu;
 169
 170                 data.push_back(newGuy);
 171                 numBins++;
 172
 173                 if(binSize > maxRank){
 174                         maxRank = binSize;
 175                 }
 176
 177                 numSeqs += binSize;
 178         }
 179         catch(exception& e) {
 180                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 181                 exit(1);
 182         }
 183         catch(...) {
 184                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 185                 exit(1);
 186         }
 187 }
 188
 189 /***********************************************************************/
 190
 191 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 192
 193         return data.pop_back();
 194 }
 195
 196 /***********************************************************************/
 197
 198
 199 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 200         return data.rbegin();
 201 }
 202
 203 /***********************************************************************/
 204
 205 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 206         return data.rend();
 207 }
 208
 209 /***********************************************************************/
 210 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 211
 212         data.resize(size);
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216
 217 int SharedRAbundVector::size(){
 218         return data.size();
 219 }
 220
 221 /***********************************************************************/
 222 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 223         try {
 224                 output << numBins << '\t';
 225
 226                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 227                 output << endl;
 228         }
 229         catch(exception& e) {
 230                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 231                 exit(1);
 232         }
 233         catch(...) {
 234                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 235                 exit(1);
 236         }
 237 }
 238 /***********************************************************************/
 239 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 240         return group;
 241 }
 242
 243 /***********************************************************************/
 244
 245 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 246         group = groupName;
 247 }
 248 /***********************************************************************/
 249 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 250 /***********************************************************************/
 251 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 252 /***********************************************************************/
 253 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 254         return numBins;
 255 }
 256
 257 /***********************************************************************/
 258
 259 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 260         return numSeqs;
 261 }
 262
 263 /***********************************************************************/
 264
 265 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 266         return maxRank;
 267 }
 268 /***********************************************************************/
 269
 270 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 271         return *this;
 272 }
 273 /***********************************************************************/
 274
 275 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 276         try {
 277                 RAbundVector rav(data.size());
 278
 279                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 280                         rav.set(i, data[i].abundance);
 281                 }
 282
 283                 return rav;
 284         }
 285         catch(exception& e) {
 286                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 287                 exit(1);
 288         }
 289         catch(...) {
 290                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 291                 exit(1);
 292         }
 293 }
 294 /***********************************************************************/
 295
 296 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector2() {
 297         try {
 298                 RAbundVector rav;
 299                 for(int i = 0; i < numBins; i++)
 300                         if(data[i].abundance != 0)
 301                                 rav.push_back(data[i].abundance-1);
 302                 return rav;
 303         }
 304         catch(exception& e) {
 305                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 306                 exit(1);
 307         }
 308         catch(...) {
 309                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 310                 exit(1);
 311         }
 312 }
 313 /***********************************************************************/
 314
 315 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 316         try {
 317                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 318
 319                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 320                         int abund = data[i].abundance;
 321                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 322                 }
 323
 324                 sav.set(0, 0, group);
 325                 sav.setLabel(label);
 326                 sav.setGroup(group);
 327
 328                 return sav;
 329         }
 330         catch(exception& e) {
 331                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 332                 exit(1);
 333         }
 334         catch(...) {
 335                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 336                 exit(1);
 337         }
 338 }
 339 /***********************************************************************/
 340
 341 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 342         try {
 343                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 344
 345                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 346                         int abund = data[i].abundance;
 347                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 348                 }
 349                 sav.set(0, 0);
 350                 sav.setLabel(label);
 351                 return sav;
 352         }
 353         catch(exception& e) {
 354                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 355                 exit(1);
 356         }
 357         catch(...) {
 358                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 359                 exit(1);
 360         }
 361 }
 362
 363 /***********************************************************************/
 364
 365 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 366         try {
 367                 SharedOrderVector ov;
 368
 369                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 370                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 371                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 372                         }
 373                 }
 374                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 375
 376                 ov.setLabel(label);
 377                 return ov;
 378         }
 379         catch(exception& e) {
 380                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 381                 exit(1);
 382         }
 383         catch(...) {
 384                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 385                 exit(1);
 386         }
 387 }
 388 /***********************************************************************/
 389
 390 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 391         try {
 392                 OrderVector ov;
 393
 394                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 395                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 396                                 ov.push_back(i);
 397                         }
 398                 }
 399                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 400
 401                 ov.setLabel(label);
 402                 return ov;
 403         }
 404         catch(exception& e) {
 405                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 406                 exit(1);
 407         }
 408         catch(...) {
 409                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 410                 exit(1);
 411         }
 412 }
 413
 414 /***********************************************************************/
 415