sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "sabundvector.hpp"
  15 #include "ordervector.hpp"
  16
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  25                 individual newGuy;
  26                 //initialize data
  27                 for (int i=0; i< n; i++) {
  28                         newGuy.bin = i;
  29                         newGuy.abundance = 0;
  30                         data.push_back(newGuy);
  31                 }
  32 };
  33
  34 /***********************************************************************
  35
  36 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  37         try {
  38                 numBins = 0;
  39                 maxRank = 0;
  40                 numSeqs = 0;
  41
  42                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  43                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  44                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  45                         numSeqs += data[i].abundance;
  46                 }
  47         }
  48         catch(exception& e) {
  49                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  50                 exit(1);
  51         }
  52         catch(...) {
  53                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56 }
  57
  58
  59 /***********************************************************************
  60
  61
  62 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  63         try {
  64                 int i, num;
  65                 string holdLabel, group
  66                 individual newGuy;
  67
  68                 f >> label >> group >> num;
  69
  70                 //initialize data
  71                 for (i=0; i<hold; i++) {
  72                         newGuy = new individual;
  73                         newGuy.abundance = 0;
  74                         newGuy.bin = i;
  75                         data.push_back(newGuy);
  76                 }
  77                 int inputData;
  78
  79                 for(int i=0;i<hold;i++){
  80                         f >> inputData;
  81                         set(i, inputData);
  82                 }
  83         }
  84         catch(exception& e) {
  85                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  86                 exit(1);
  87         }
  88         catch(...) {
  89                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  90                 exit(1);
  91         }
  92 }
  93
  94 /***********************************************************************/
  95
  96 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
  97
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 103         try {
 104                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 105                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 106                 data[binNumber].group = groupname;
 107
 108                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 109
 110                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 111         }
 112         catch(exception& e) {
 113                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 114                 exit(1);
 115         }
 116         catch(...) {
 117                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 118                 exit(1);
 119         }
 120 }
 121 /***********************************************************************/
 122
 123 void SharedRAbundVector::setData(vector <individual> newData){
 124         data = newData;
 125 }
 126
 127 /***********************************************************************/
 128
 129 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 130         return data[index].abundance;
 131
 132 }
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 int SharedRAbundVector::numNZ(){
 136         int sum = 0;
 137         for(int i = 1; i < numBins; i++)
 138                 if(data[i].abundance > 0)
 139                         sum++;
 140         return sum;
 141 }
 142 /***********************************************************************/
 143
 144 void SharedRAbundVector::sortD(){
 145         struct individual indObj;
 146         sort(data.begin()+1, data.end(), indObj);
 147 }
 148 /***********************************************************************/
 149
 150 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 151         return data[index];
 152
 153 }
 154 /***********************************************************************/
 155
 156 vector <individual> SharedRAbundVector::getData(){
 157         return data;
 158 }
 159 /***********************************************************************/
 160
 161 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 162         try {
 163                 individual newGuy;
 164                 newGuy.abundance = binSize;
 165                 newGuy.group = groupName;
 166                 newGuy.bin = otu;
 167
 168                 data.push_back(newGuy);
 169                 numBins++;
 170
 171                 if(binSize > maxRank){
 172                         maxRank = binSize;
 173                 }
 174
 175                 numSeqs += binSize;
 176         }
 177         catch(exception& e) {
 178                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 179                 exit(1);
 180         }
 181         catch(...) {
 182                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 183                 exit(1);
 184         }
 185 }
 186
 187 /***********************************************************************/
 188
 189 void SharedRAbundVector::insert(int binSize, int otu, string groupName){
 190         try {
 191                 individual newGuy;
 192                 newGuy.abundance = binSize;
 193                 newGuy.group = groupName;
 194                 newGuy.bin = otu;
 195
 196                 data.insert(data.begin()+otu, newGuy);
 197                 numBins++;
 198
 199                 if(binSize > maxRank){
 200                         maxRank = binSize;
 201                 }
 202
 203                 numSeqs += binSize;
 204         }
 205         catch(exception& e) {
 206                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function insert. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 207                 exit(1);
 208         }
 209         catch(...) {
 210                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function insert. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 211                 exit(1);
 212         }
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216
 217 void SharedRAbundVector::push_front(int binSize, int otu, string groupName){
 218         try {
 219                 individual newGuy;
 220                 newGuy.abundance = binSize;
 221                 newGuy.group = groupName;
 222                 newGuy.bin = otu;
 223
 224                 data.insert(data.begin(), newGuy);
 225                 numBins++;
 226
 227                 if(binSize > maxRank){
 228                         maxRank = binSize;
 229                 }
 230
 231                 numSeqs += binSize;
 232         }
 233         catch(exception& e) {
 234                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_front. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 235                 exit(1);
 236         }
 237         catch(...) {
 238                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_front. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 239                 exit(1);
 240         }
 241 }
 242
 243 /***********************************************************************/
 244 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 245
 246         return data.pop_back();
 247 }
 248
 249 /***********************************************************************/
 250
 251
 252 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 253         return data.rbegin();
 254 }
 255
 256 /***********************************************************************/
 257
 258 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 259         return data.rend();
 260 }
 261
 262 /***********************************************************************/
 263 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 264
 265         data.resize(size);
 266 }
 267
 268 /***********************************************************************/
 269
 270 int SharedRAbundVector::size(){
 271         return data.size();
 272 }
 273
 274 /***********************************************************************/
 275 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 276         try {
 277                 output << numBins << '\t';
 278
 279                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 280                 output << endl;
 281         }
 282         catch(exception& e) {
 283                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 284                 exit(1);
 285         }
 286         catch(...) {
 287                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 288                 exit(1);
 289         }
 290 }
 291 /***********************************************************************/
 292 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 293         return group;
 294 }
 295
 296 /***********************************************************************/
 297
 298 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 299         group = groupName;
 300 }
 301 /***********************************************************************/
 302 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 303 /***********************************************************************/
 304 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 305 /***********************************************************************/
 306 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 307         return numBins;
 308 }
 309
 310 /***********************************************************************/
 311
 312 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 313         return numSeqs;
 314 }
 315
 316 /***********************************************************************/
 317
 318 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 319         return maxRank;
 320 }
 321 /***********************************************************************/
 322
 323 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 324         return *this;
 325 }
 326 /***********************************************************************/
 327
 328 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 329         try {
 330                 RAbundVector rav(data.size());
 331
 332                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 333                         rav.set(i, data[i].abundance);
 334                 }
 335
 336                 return rav;
 337         }
 338         catch(exception& e) {
 339                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 340                 exit(1);
 341         }
 342         catch(...) {
 343                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 344                 exit(1);
 345         }
 346 }
 347 /***********************************************************************/
 348
 349 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector2() {
 350         try {
 351                 RAbundVector rav;
 352                 for(int i = 0; i < numBins; i++)
 353                         if(data[i].abundance != 0)
 354                                 rav.push_back(data[i].abundance-1);
 355                 return rav;
 356         }
 357         catch(exception& e) {
 358                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 359                 exit(1);
 360         }
 361         catch(...) {
 362                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 363                 exit(1);
 364         }
 365 }
 366 /***********************************************************************/
 367
 368 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 369         try {
 370                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 371
 372                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 373                         int abund = data[i].abundance;
 374                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 375                 }
 376
 377                 sav.set(0, 0, group);
 378                 sav.setLabel(label);
 379                 sav.setGroup(group);
 380
 381                 return sav;
 382         }
 383         catch(exception& e) {
 384                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 385                 exit(1);
 386         }
 387         catch(...) {
 388                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 389                 exit(1);
 390         }
 391 }
 392 /***********************************************************************/
 393
 394 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 395         try {
 396                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 397
 398                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 399                         int abund = data[i].abundance;
 400                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 401                 }
 402                 sav.set(0, 0);
 403                 sav.setLabel(label);
 404                 return sav;
 405         }
 406         catch(exception& e) {
 407                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 408                 exit(1);
 409         }
 410         catch(...) {
 411                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 412                 exit(1);
 413         }
 414 }
 415
 416 /***********************************************************************/
 417
 418 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 419         try {
 420                 SharedOrderVector ov;
 421
 422                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 423                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 424                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 425                         }
 426                 }
 427                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 428
 429                 ov.setLabel(label);
 430                 return ov;
 431         }
 432         catch(exception& e) {
 433                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 434                 exit(1);
 435         }
 436         catch(...) {
 437                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 438                 exit(1);
 439         }
 440 }
 441 /***********************************************************************/
 442
 443 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 444         try {
 445                 OrderVector ov;
 446
 447                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 448                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 449                                 ov.push_back(i);
 450                         }
 451                 }
 452                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 453
 454                 ov.setLabel(label);
 455                 return ov;
 456         }
 457         catch(exception& e) {
 458                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 459                 exit(1);
 460         }
 461         catch(...) {
 462                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 463                 exit(1);
 464         }
 465 }
 466
 467 /***********************************************************************/
 468