sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "utilities.hpp"
  15 #include "sabundvector.hpp"
  16 #include "ordervector.hpp"
  17
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  26                 individual newGuy;
  27                 //initialize data
  28                 for (int i=0; i< n; i++) {
  29                         newGuy.bin = i;
  30                         newGuy.abundance = 0;
  31                         data.push_back(newGuy);
  32                 }
  33 };
  34
  35 /***********************************************************************
  36
  37 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  38         try {
  39                 numBins = 0;
  40                 maxRank = 0;
  41                 numSeqs = 0;
  42
  43                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  44                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  45                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  46                         numSeqs += data[i].abundance;
  47                 }
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53         catch(...) {
  54                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57 }
  58
  59
  60 /***********************************************************************
  61
  62
  63 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  64         try {
  65                 int i, num;
  66                 string holdLabel, group
  67                 individual newGuy;
  68
  69                 f >> label >> group >> num;
  70
  71                 //initialize data
  72                 for (i=0; i<hold; i++) {
  73                         newGuy = new individual;
  74                         newGuy.abundance = 0;
  75                         newGuy.bin = i;
  76                         data.push_back(newGuy);
  77                 }
  78                 int inputData;
  79
  80                 for(int i=0;i<hold;i++){
  81                         f >> inputData;
  82                         set(i, inputData);
  83                 }
  84         }
  85         catch(exception& e) {
  86                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  87                 exit(1);
  88         }
  89         catch(...) {
  90                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  91                 exit(1);
  92         }
  93 }
  94
  95 /***********************************************************************/
  96
  97 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
  98
  99 }
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 104         try {
 105                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 106                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 107                 data[binNumber].group = groupname;
 108
 109                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 110
 111                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 112         }
 113         catch(exception& e) {
 114                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 115                 exit(1);
 116         }
 117         catch(...) {
 118                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 119                 exit(1);
 120         }
 121 }
 122
 123 /***********************************************************************/
 124
 125 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 126         return data[index].abundance;
 127
 128 }
 129
 130 /***********************************************************************/
 131
 132 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 133         return data[index];
 134
 135 }
 136
 137 /***********************************************************************/
 138
 139 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 140         try {
 141                 individual newGuy;
 142                 newGuy.abundance = binSize;
 143                 newGuy.group = groupName;
 144                 newGuy.bin = otu;
 145
 146                 data.push_back(newGuy);
 147                 numBins++;
 148
 149                 if(binSize > maxRank){
 150                         maxRank = binSize;
 151                 }
 152
 153                 numSeqs += binSize;
 154         }
 155         catch(exception& e) {
 156                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 157                 exit(1);
 158         }
 159         catch(...) {
 160                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 161                 exit(1);
 162         }
 163 }
 164
 165 /***********************************************************************/
 166
 167 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 168
 169         return data.pop_back();
 170 }
 171
 172 /***********************************************************************/
 173
 174
 175 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 176         return data.rbegin();
 177 }
 178
 179 /***********************************************************************/
 180
 181 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 182         return data.rend();
 183 }
 184
 185 /***********************************************************************/
 186 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 187
 188         data.resize(size);
 189 }
 190
 191 /***********************************************************************/
 192
 193 int SharedRAbundVector::size(){
 194         return data.size();
 195 }
 196
 197 /***********************************************************************/
 198 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 199         try {
 200                 output << numBins << '\t';
 201
 202                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 203                 output << endl;
 204         }
 205         catch(exception& e) {
 206                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 207                 exit(1);
 208         }
 209         catch(...) {
 210                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 211                 exit(1);
 212         }
 213 }
 214 /***********************************************************************/
 215 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 216         return group;
 217 }
 218
 219 /***********************************************************************/
 220
 221 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 222         group = groupName;
 223 }
 224 /***********************************************************************/
 225 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 226 /***********************************************************************/
 227 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 228 /***********************************************************************/
 229 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 230         return numBins;
 231 }
 232
 233 /***********************************************************************/
 234
 235 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 236         return numSeqs;
 237 }
 238
 239 /***********************************************************************/
 240
 241 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 242         return maxRank;
 243 }
 244
 245 /***********************************************************************/
 246
 247 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 248         return *this;
 249 }
 250 /***********************************************************************/
 251
 252 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 253         try {
 254                 RAbundVector rav(data.size());
 255
 256                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 257                         rav.set(i, data[i].abundance);
 258                 }
 259
 260                 return rav;
 261         }
 262         catch(exception& e) {
 263                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 264                 exit(1);
 265         }
 266         catch(...) {
 267                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 268                 exit(1);
 269         }
 270 }
 271
 272 /***********************************************************************/
 273
 274 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 275         try {
 276                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 277
 278                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 279                         int abund = data[i].abundance;
 280                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 281                 }
 282
 283                 sav.set(0, 0, group);
 284                 sav.setLabel(label);
 285                 sav.setGroup(group);
 286
 287                 return sav;
 288         }
 289         catch(exception& e) {
 290                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 291                 exit(1);
 292         }
 293         catch(...) {
 294                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 295                 exit(1);
 296         }
 297 }
 298 /***********************************************************************/
 299
 300 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 301         try {
 302                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 303
 304                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 305                         int abund = data[i].abundance;
 306                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 307                 }
 308                 sav.set(0, 0);
 309                 sav.setLabel(label);
 310                 return sav;
 311         }
 312         catch(exception& e) {
 313                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 314                 exit(1);
 315         }
 316         catch(...) {
 317                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 318                 exit(1);
 319         }
 320 }
 321
 322 /***********************************************************************/
 323
 324 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 325         try {
 326                 SharedOrderVector ov;
 327
 328                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 329                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 330                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 331                         }
 332                 }
 333                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 334
 335                 ov.setLabel(label);
 336                 return ov;
 337         }
 338         catch(exception& e) {
 339                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 340                 exit(1);
 341         }
 342         catch(...) {
 343                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 344                 exit(1);
 345         }
 346 }
 347 /***********************************************************************/
 348
 349 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 350         try {
 351                 OrderVector ov;
 352
 353                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 354                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 355                                 ov.push_back(i);
 356                         }
 357                 }
 358                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 359
 360                 ov.setLabel(label);
 361                 return ov;
 362         }
 363         catch(exception& e) {
 364                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 365                 exit(1);
 366         }
 367         catch(...) {
 368                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 369                 exit(1);
 370         }
 371 }
 372
 373 /***********************************************************************/
 374