sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "sabundvector.hpp"
  15 #include "ordervector.hpp"
  16
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  25                 individual newGuy;
  26                 //initialize data
  27                 for (int i=0; i< n; i++) {
  28                         newGuy.bin = i;
  29                         newGuy.abundance = 0;
  30                         data.push_back(newGuy);
  31                 }
  32 };
  33
  34 /***********************************************************************
  35
  36 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  37         try {
  38                 numBins = 0;
  39                 maxRank = 0;
  40                 numSeqs = 0;
  41
  42                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  43                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  44                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  45                         numSeqs += data[i].abundance;
  46                 }
  47         }
  48         catch(exception& e) {
  49                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  50                 exit(1);
  51         }
  52         catch(...) {
  53                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56 }
  57
  58
  59 /***********************************************************************
  60
  61
  62 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  63         try {
  64                 int i, num;
  65                 string holdLabel, group
  66                 individual newGuy;
  67
  68                 f >> label >> group >> num;
  69
  70                 //initialize data
  71                 for (i=0; i<hold; i++) {
  72                         newGuy = new individual;
  73                         newGuy.abundance = 0;
  74                         newGuy.bin = i;
  75                         data.push_back(newGuy);
  76                 }
  77                 int inputData;
  78
  79                 for(int i=0;i<hold;i++){
  80                         f >> inputData;
  81                         set(i, inputData);
  82                 }
  83         }
  84         catch(exception& e) {
  85                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  86                 exit(1);
  87         }
  88         catch(...) {
  89                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  90                 exit(1);
  91         }
  92 }
  93
  94 /***********************************************************************/
  95
  96 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
  97
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 103         try {
 104                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 105                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 106                 data[binNumber].group = groupname;
 107
 108                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 109
 110                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 111         }
 112         catch(exception& e) {
 113                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 114                 exit(1);
 115         }
 116         catch(...) {
 117                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 118                 exit(1);
 119         }
 120 }
 121 /***********************************************************************/
 122
 123 void SharedRAbundVector::setData(vector <individual> newData){
 124         data = newData;
 125 }
 126
 127 /***********************************************************************/
 128
 129 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 130         return data[index].abundance;
 131
 132 }
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 int SharedRAbundVector::numNZ(){
 136         int sum = 0;
 137         for(int i = 1; i < numBins; i++)
 138                 if(data[i].abundance > 0)
 139                         sum++;
 140         return sum;
 141 }
 142 /***********************************************************************/
 143
 144 void SharedRAbundVector::sortD(){
 145         struct individual indObj;
 146         sort(data.begin()+1, data.end(), indObj);
 147 }
 148 /***********************************************************************/
 149
 150 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 151         return data[index];
 152
 153 }
 154 /***********************************************************************/
 155
 156 vector <individual> SharedRAbundVector::getData(){
 157         return data;
 158 }
 159 /***********************************************************************/
 160
 161 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 162         try {
 163                 individual newGuy;
 164                 newGuy.abundance = binSize;
 165                 newGuy.group = groupName;
 166                 newGuy.bin = otu;
 167
 168                 data.push_back(newGuy);
 169                 numBins++;
 170
 171                 if(binSize > maxRank){
 172                         maxRank = binSize;
 173                 }
 174
 175                 numSeqs += binSize;
 176         }
 177         catch(exception& e) {
 178                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 179                 exit(1);
 180         }
 181         catch(...) {
 182                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 183                 exit(1);
 184         }
 185 }
 186
 187 /***********************************************************************/
 188
 189 void SharedRAbundVector::insert(int binSize, int otu, string groupName){
 190         try {
 191                 individual newGuy;
 192                 newGuy.abundance = binSize;
 193                 newGuy.group = groupName;
 194                 newGuy.bin = otu;
 195
 196                 data.insert(data.begin()+otu, newGuy);
 197                 numBins++;
 198
 199                 if(binSize > maxRank){
 200                         maxRank = binSize;
 201                 }
 202
 203                 numSeqs += binSize;
 204         }
 205         catch(exception& e) {
 206                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function insert. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 207                 exit(1);
 208         }
 209         catch(...) {
 210                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function insert. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 211                 exit(1);
 212         }
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216
 217 void SharedRAbundVector::push_front(int binSize, int otu, string groupName){
 218         try {
 219                 individual newGuy;
 220                 newGuy.abundance = binSize;
 221                 newGuy.group = groupName;
 222                 newGuy.bin = otu;
 223
 224                 data.insert(data.begin(), newGuy);
 225                 numBins++;
 226
 227                 if(binSize > maxRank){
 228                         maxRank = binSize;
 229                 }
 230
 231                 numSeqs += binSize;
 232         }
 233         catch(exception& e) {
 234                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_front. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 235                 exit(1);
 236         }
 237         catch(...) {
 238                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_front. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 239                 exit(1);
 240         }
 241 }
 242
 243 /***********************************************************************/
 244 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 245         numSeqs -= data[data.size()-1].abundance;
 246         numBins--;
 247         return data.pop_back();
 248 }
 249
 250 /***********************************************************************/
 251
 252
 253 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 254         return data.rbegin();
 255 }
 256
 257 /***********************************************************************/
 258
 259 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 260         return data.rend();
 261 }
 262
 263 /***********************************************************************/
 264 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 265
 266         data.resize(size);
 267 }
 268
 269 /***********************************************************************/
 270
 271 int SharedRAbundVector::size(){
 272         return data.size();
 273 }
 274
 275 /***********************************************************************/
 276 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 277         try {
 278                 output << numBins << '\t';
 279
 280                 for(int i=0;i<data.size();i++){         output << data[i].abundance << '\t';            }
 281                 output << endl;
 282         }
 283         catch(exception& e) {
 284                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 285                 exit(1);
 286         }
 287         catch(...) {
 288                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 289                 exit(1);
 290         }
 291 }
 292 /***********************************************************************/
 293 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 294         return group;
 295 }
 296
 297 /***********************************************************************/
 298
 299 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 300         group = groupName;
 301 }
 302 /***********************************************************************/
 303 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 304 /***********************************************************************/
 305 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 306 /***********************************************************************/
 307 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 308         return numBins;
 309 }
 310
 311 /***********************************************************************/
 312
 313 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 314         return numSeqs;
 315 }
 316
 317 /***********************************************************************/
 318
 319 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 320         return maxRank;
 321 }
 322 /***********************************************************************/
 323
 324 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 325         return *this;
 326 }
 327 /***********************************************************************/
 328
 329 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 330         try {
 331                 RAbundVector rav(data.size());
 332
 333                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 334                         rav.set(i, data[i].abundance);
 335                 }
 336
 337                 return rav;
 338         }
 339         catch(exception& e) {
 340                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 341                 exit(1);
 342         }
 343         catch(...) {
 344                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 345                 exit(1);
 346         }
 347 }
 348 /***********************************************************************/
 349
 350 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector2() {
 351         try {
 352                 RAbundVector rav;
 353                 for(int i = 0; i < numBins; i++)
 354                         if(data[i].abundance != 0)
 355                                 rav.push_back(data[i].abundance-1);
 356                 return rav;
 357         }
 358         catch(exception& e) {
 359                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 360                 exit(1);
 361         }
 362         catch(...) {
 363                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 364                 exit(1);
 365         }
 366 }
 367 /***********************************************************************/
 368
 369 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 370         try {
 371                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 372
 373                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 374                         int abund = data[i].abundance;
 375                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 376                 }
 377
 378                 sav.set(0, 0, group);
 379                 sav.setLabel(label);
 380                 sav.setGroup(group);
 381
 382                 return sav;
 383         }
 384         catch(exception& e) {
 385                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 386                 exit(1);
 387         }
 388         catch(...) {
 389                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 390                 exit(1);
 391         }
 392 }
 393 /***********************************************************************/
 394
 395 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 396         try {
 397                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 398
 399                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 400                         int abund = data[i].abundance;
 401                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 402                 }
 403                 sav.set(0, 0);
 404                 sav.setLabel(label);
 405                 return sav;
 406         }
 407         catch(exception& e) {
 408                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 409                 exit(1);
 410         }
 411         catch(...) {
 412                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 413                 exit(1);
 414         }
 415 }
 416
 417 /***********************************************************************/
 418
 419 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 420         try {
 421                 SharedOrderVector ov;
 422
 423                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 424                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 425                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 426                         }
 427                 }
 428                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 429
 430                 ov.setLabel(label);
 431                 return ov;
 432         }
 433         catch(exception& e) {
 434                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 435                 exit(1);
 436         }
 437         catch(...) {
 438                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 439                 exit(1);
 440         }
 441 }
 442 /***********************************************************************/
 443
 444 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 445         try {
 446                 OrderVector ov;
 447
 448                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 449                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 450                                 ov.push_back(i);
 451                         }
 452                 }
 453                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 454
 455                 ov.setLabel(label);
 456                 return ov;
 457         }
 458         catch(exception& e) {
 459                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 460                 exit(1);
 461         }
 462         catch(...) {
 463                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 464                 exit(1);
 465         }
 466 }
 467
 468 /***********************************************************************/
 469