sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "utilities.hpp"
  15 #include "sabundvector.hpp"
  16 #include "ordervector.hpp"
  17 #include <algorithm>
  18
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  23
  24 /***********************************************************************/
  25
  26 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  27                 individual newGuy;
  28                 //initialize data
  29                 for (int i=0; i< n; i++) {
  30                         newGuy.bin = i;
  31                         newGuy.abundance = 0;
  32                         data.push_back(newGuy);
  33                 }
  34 };
  35
  36 /***********************************************************************
  37
  38 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  39         try {
  40                 numBins = 0;
  41                 maxRank = 0;
  42                 numSeqs = 0;
  43
  44                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  45                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  46                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  47                         numSeqs += data[i].abundance;
  48                 }
  49         }
  50         catch(exception& e) {
  51                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54         catch(...) {
  55                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  56                 exit(1);
  57         }
  58 }
  59
  60
  61 /***********************************************************************
  62
  63
  64 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  65         try {
  66                 int i, num;
  67                 string holdLabel, group
  68                 individual newGuy;
  69
  70                 f >> label >> group >> num;
  71
  72                 //initialize data
  73                 for (i=0; i<hold; i++) {
  74                         newGuy = new individual;
  75                         newGuy.abundance = 0;
  76                         newGuy.bin = i;
  77                         data.push_back(newGuy);
  78                 }
  79                 int inputData;
  80
  81                 for(int i=0;i<hold;i++){
  82                         f >> inputData;
  83                         set(i, inputData);
  84                 }
  85         }
  86         catch(exception& e) {
  87                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  88                 exit(1);
  89         }
  90         catch(...) {
  91                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  92                 exit(1);
  93         }
  94 }
  95
  96 /***********************************************************************/
  97
  98 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
  99
 100 }
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 105         try {
 106                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 107                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 108                 data[binNumber].group = groupname;
 109
 110                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 111
 112                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 113         }
 114         catch(exception& e) {
 115                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 116                 exit(1);
 117         }
 118         catch(...) {
 119                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 120                 exit(1);
 121         }
 122 }
 123 /***********************************************************************/
 124
 125 void SharedRAbundVector::setData(vector <individual> newData){
 126         data = newData;
 127 }
 128
 129 /***********************************************************************/
 130
 131 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 132         return data[index].abundance;
 133
 134 }
 135 /***********************************************************************/
 136
 137 int SharedRAbundVector::numNZ(){
 138         int sum = 0;
 139         for(int i = 1; i < numBins; i++)
 140                 if(data[i].abundance > 0)
 141                         sum++;
 142         return sum;
 143 }
 144 /***********************************************************************/
 145
 146 void SharedRAbundVector::sortD(){
 147         struct individual indObj;
 148         sort(data.begin()+1, data.end(), indObj);
 149 }
 150 /***********************************************************************/
 151
 152 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 153         return data[index];
 154
 155 }
 156 /***********************************************************************/
 157
 158 vector <individual> SharedRAbundVector::getData(){
 159         return data;
 160 }
 161 /***********************************************************************/
 162
 163 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 164         try {
 165                 individual newGuy;
 166                 newGuy.abundance = binSize;
 167                 newGuy.group = groupName;
 168                 newGuy.bin = otu;
 169
 170                 data.push_back(newGuy);
 171                 numBins++;
 172
 173                 if(binSize > maxRank){
 174                         maxRank = binSize;
 175                 }
 176
 177                 numSeqs += binSize;
 178         }
 179         catch(exception& e) {
 180                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 181                 exit(1);
 182         }
 183         catch(...) {
 184                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 185                 exit(1);
 186         }
 187 }
 188
 189
 190 /***********************************************************************/
 191
 192 void SharedRAbundVector::push_front(int binSize, int otu, string groupName){
 193         try {
 194                 individual newGuy;
 195                 newGuy.abundance = binSize;
 196                 newGuy.group = groupName;
 197                 newGuy.bin = otu;
 198
 199                 data.insert(data.begin(), newGuy);
 200                 numBins++;
 201
 202                 if(binSize > maxRank){
 203                         maxRank = binSize;
 204                 }
 205
 206                 numSeqs += binSize;
 207         }
 208         catch(exception& e) {
 209                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_front. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 210                 exit(1);
 211         }
 212         catch(...) {
 213                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_front. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 214                 exit(1);
 215         }
 216 }
 217
 218 /***********************************************************************/
 219 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 220
 221         return data.pop_back();
 222 }
 223
 224 /***********************************************************************/
 225
 226
 227 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 228         return data.rbegin();
 229 }
 230
 231 /***********************************************************************/
 232
 233 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 234         return data.rend();
 235 }
 236
 237 /***********************************************************************/
 238 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 239
 240         data.resize(size);
 241 }
 242
 243 /***********************************************************************/
 244
 245 int SharedRAbundVector::size(){
 246         return data.size();
 247 }
 248
 249 /***********************************************************************/
 250 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 251         try {
 252                 output << numBins << '\t';
 253
 254                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 255                 output << endl;
 256         }
 257         catch(exception& e) {
 258                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 259                 exit(1);
 260         }
 261         catch(...) {
 262                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 263                 exit(1);
 264         }
 265 }
 266 /***********************************************************************/
 267 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 268         return group;
 269 }
 270
 271 /***********************************************************************/
 272
 273 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 274         group = groupName;
 275 }
 276 /***********************************************************************/
 277 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 278 /***********************************************************************/
 279 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 280 /***********************************************************************/
 281 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 282         return numBins;
 283 }
 284
 285 /***********************************************************************/
 286
 287 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 288         return numSeqs;
 289 }
 290
 291 /***********************************************************************/
 292
 293 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 294         return maxRank;
 295 }
 296 /***********************************************************************/
 297
 298 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 299         return *this;
 300 }
 301 /***********************************************************************/
 302
 303 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 304         try {
 305                 RAbundVector rav(data.size());
 306
 307                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 308                         rav.set(i, data[i].abundance);
 309                 }
 310
 311                 return rav;
 312         }
 313         catch(exception& e) {
 314                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 315                 exit(1);
 316         }
 317         catch(...) {
 318                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 319                 exit(1);
 320         }
 321 }
 322 /***********************************************************************/
 323
 324 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector2() {
 325         try {
 326                 RAbundVector rav;
 327                 for(int i = 0; i < numBins; i++)
 328                         if(data[i].abundance != 0)
 329                                 rav.push_back(data[i].abundance-1);
 330                 return rav;
 331         }
 332         catch(exception& e) {
 333                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 334                 exit(1);
 335         }
 336         catch(...) {
 337                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 338                 exit(1);
 339         }
 340 }
 341 /***********************************************************************/
 342
 343 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 344         try {
 345                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 346
 347                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 348                         int abund = data[i].abundance;
 349                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 350                 }
 351
 352                 sav.set(0, 0, group);
 353                 sav.setLabel(label);
 354                 sav.setGroup(group);
 355
 356                 return sav;
 357         }
 358         catch(exception& e) {
 359                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 360                 exit(1);
 361         }
 362         catch(...) {
 363                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 364                 exit(1);
 365         }
 366 }
 367 /***********************************************************************/
 368
 369 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 370         try {
 371                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 372
 373                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 374                         int abund = data[i].abundance;
 375                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 376                 }
 377                 sav.set(0, 0);
 378                 sav.setLabel(label);
 379                 return sav;
 380         }
 381         catch(exception& e) {
 382                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 383                 exit(1);
 384         }
 385         catch(...) {
 386                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 387                 exit(1);
 388         }
 389 }
 390
 391 /***********************************************************************/
 392
 393 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 394         try {
 395                 SharedOrderVector ov;
 396
 397                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 398                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 399                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 400                         }
 401                 }
 402                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 403
 404                 ov.setLabel(label);
 405                 return ov;
 406         }
 407         catch(exception& e) {
 408                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 409                 exit(1);
 410         }
 411         catch(...) {
 412                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 413                 exit(1);
 414         }
 415 }
 416 /***********************************************************************/
 417
 418 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 419         try {
 420                 OrderVector ov;
 421
 422                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 423                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 424                                 ov.push_back(i);
 425                         }
 426                 }
 427                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 428
 429                 ov.setLabel(label);
 430                 return ov;
 431         }
 432         catch(exception& e) {
 433                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 434                 exit(1);
 435         }
 436         catch(...) {
 437                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 438                 exit(1);
 439         }
 440 }
 441
 442 /***********************************************************************/
 443