sharedrabundfloatvector.h

   1 #ifndef SHAREDRABUNDFLOATVECTOR_H
   2 #define SHAREDRABUNDFLOATVECTOR_H
   3
   4 /*
   5  *  sharedrabundfloatvector.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 8/18/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "sharedordervector.h"
  16 #include "sharedsabundvector.h"
  17 #include "rabundvector.hpp"
  18 #include "groupmap.h"
  19
  20 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
  21         It is similiar to an rabundvector except each member of data knows which group it belongs to.
  22         Each member of the internal container "data" is a struct of type individualFloat.
  23         An individual which knows the OTU from which it came,
  24         the group it is in and its abundance.  */
  25
  26 class GlobalData;
  27
  28 class SharedRAbundFloatVector : public DataVector {
  29
  30 public:
  31         SharedRAbundFloatVector();
  32         SharedRAbundFloatVector(int);
  33         SharedRAbundFloatVector(const SharedRAbundFloatVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs), group(bv.group), index(bv.index){};
  34     SharedRAbundFloatVector(ifstream&);
  35         ~SharedRAbundFloatVector();
  36
  37         int getNumBins();
  38         float getNumSeqs();
  39         float getMaxRank();
  40         string getGroup();
  41         void setGroup(string);
  42         int getGroupIndex();
  43         void setGroupIndex(int);
  44
  45         void set(int, float, string);                   //OTU, abundance, groupname
  46         individualFloat get(int);
  47         vector <individual> getData();
  48         float getAbundance(int);
  49         void push_front(float, int, string); //abundance, otu, groupname
  50         void insert(float, int, string); //abundance, otu, groupname
  51         void push_back(float, string);  //abundance, groupname
  52         void pop_back();
  53         void resize(int);
  54         void clear();
  55         int size();
  56
  57         void print(ostream&);
  58
  59         RAbundVector getRAbundVector();
  60         SAbundVector getSAbundVector();
  61         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  62         //SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  63         //SharedSAbundVector getSharedSAbundVector();
  64         //SharedRAbundVector getSharedRAbundVector();
  65         SharedRAbundFloatVector getSharedRAbundFloatVector();
  66         vector<SharedRAbundFloatVector*> getSharedRAbundFloatVectors();
  67
  68 private:
  69         vector<individualFloat>  data;
  70         vector<SharedRAbundFloatVector*> lookup;
  71         GlobalData* globaldata;
  72         GroupMap* groupmap;
  73         float maxRank;
  74         int numBins;
  75         float numSeqs;
  76         string group;
  77         int index;
  78
  79         int eliminateZeroOTUS(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  80 };
  81
  82
  83 #endif
  84
  85