sharedordervector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedSharedOrderVector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/9/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 using namespace std;
  11
  12
  13 #include "sharedordervector.h"
  14 #include "utilities.hpp"
  15 #include <exception>
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 SharedOrderVector::SharedOrderVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0)  {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 SharedOrderVector::SharedOrderVector(string id, vector<individual>  ov) :
  24                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  25 {
  26                 updateStats();
  27 }
  28
  29 /***********************************************************************
  30
  31 //does not work since we don't have a shared order file format yet.
  32
  33 SharedOrderVector::SharedOrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  34         try {
  35                 int hold;
  36
  37                 f >> label;
  38                 f >> hold;
  39
  40                 data.assign(hold, -1);
  41
  42                 int inputData;
  43
  44                 for(int i=0;i<hold;i++){
  45                         f >> inputData;
  46                         set(i, inputData, inputData, group);
  47                 }
  48
  49                 updateStats();
  50         }
  51         catch(exception& e) {
  52                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function SharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  53                 exit(1);
  54         }
  55         catch(...) {
  56                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function SharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  57                 exit(1);
  58         }
  59 }
  60
  61 /***********************************************************************/
  62
  63
  64 int SharedOrderVector::getNumBins(){
  65         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  66         return numBins;
  67 }
  68
  69 /***********************************************************************/
  70
  71 int SharedOrderVector::getNumSeqs(){
  72         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  73         return numSeqs;
  74 }
  75
  76 /***********************************************************************/
  77
  78 int SharedOrderVector::getMaxRank(){
  79         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  80         return maxRank;
  81 }
  82
  83
  84 /***********************************************************************/
  85
  86
  87
  88 void SharedOrderVector::set(int index, int binNumber, int abund, string groupName){
  89
  90         data[index].group = groupName;
  91         data[index].bin = binNumber;
  92         data[index].abundance = abund;
  93         needToUpdate = 1;
  94
  95 }
  96
  97 /***********************************************************************/
  98
  99 individual SharedOrderVector::get(int index){
 100         return data[index];
 101 }
 102
 103
 104 /***********************************************************************/
 105
 106 void SharedOrderVector::push_back(int binNumber, int abund, string groupName){
 107         individual newGuy;
 108         newGuy.group = groupName;
 109         newGuy.abundance = abund;
 110         newGuy.bin = binNumber;
 111         data.push_back(newGuy);
 112         needToUpdate = 1;
 113
 114 }
 115
 116 /***********************************************************************/
 117
 118 void SharedOrderVector::print(ostream& output){
 119         try {
 120                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 121
 122                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 123                         output << data[i].bin << '\t';
 124                 }
 125                 output << endl;
 126         }
 127         catch(exception& e) {
 128                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 129                 exit(1);
 130         }
 131         catch(...) {
 132                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 133                 exit(1);
 134         }
 135 }
 136
 137
 138 /***********************************************************************/
 139
 140 void SharedOrderVector::resize(int){
 141         cout << "resize() did nothing in class SharedOrderVector";
 142 }
 143
 144 /***********************************************************************/
 145
 146
 147 vector<individual>::iterator SharedOrderVector::begin(){
 148         return data.begin();
 149 }
 150
 151 /***********************************************************************/
 152
 153 vector<individual>::iterator SharedOrderVector::end(){
 154         return data.end();
 155 }
 156
 157 /***********************************************************************/
 158
 159 int SharedOrderVector::size(){
 160         return data.size();
 161 }
 162
 163 /***********************************************************************/
 164
 165 RAbundVector SharedOrderVector::getRAbundVector(){
 166         try {
 167                 RAbundVector rav(data.size());
 168
 169                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 170                         rav.set(data[i].bin, rav.get(data[i].bin) + 1);
 171                 }
 172                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 173                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 174                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 175                         else{
 176                                 break;
 177                         }
 178                 }
 179                 rav.setLabel(label);
 180
 181                 return rav;
 182         }
 183         catch(exception& e) {
 184                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 185                 exit(1);
 186         }
 187         catch(...) {
 188                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 189                 exit(1);
 190         }
 191 }
 192 /***********************************************************************/
 193
 194 OrderVector SharedOrderVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 195         try {
 196                 OrderVector ov;
 197
 198                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 199                         ov.push_back(data[i].bin);
 200                 }
 201
 202                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 203
 204                 ov.setLabel(label);
 205                 return ov;
 206         }
 207         catch(exception& e) {
 208                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 209                 exit(1);
 210         }
 211         catch(...) {
 212                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 213                 exit(1);
 214         }
 215 }
 216
 217
 218 /***********************************************************************/
 219
 220 SAbundVector SharedOrderVector::getSAbundVector(){
 221
 222         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 223         return rav.getSAbundVector();
 224
 225 }
 226 /***********************************************************************/
 227 SharedRAbundVector SharedOrderVector::getSharedRAbundVector(string group) {
 228         try {
 229                 SharedRAbundVector sharedRav(data.size());
 230
 231                 sharedRav.setLabel(label);
 232                 sharedRav.setGroup(group);
 233
 234                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 235                         if (data[i].group == group) {
 236                                 sharedRav.set(data[i].abundance, sharedRav.getAbundance(data[i].abundance) + 1, data[i].group);
 237                         }
 238                 }
 239                 return sharedRav;
 240         }
 241         catch(exception& e) {
 242                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function getSharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 243                 exit(1);
 244         }
 245         catch(...) {
 246                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function getSharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 247                 exit(1);
 248         }
 249
 250 }
 251 /***********************************************************************/
 252 SharedSAbundVector SharedOrderVector::getSharedSAbundVector(string group) {
 253         try {
 254
 255                 SharedRAbundVector sharedRav(this->getSharedRAbundVector(group));
 256                 return sharedRav.getSharedSAbundVector();
 257
 258         }
 259         catch(exception& e) {
 260                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function getSharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 261                 exit(1);
 262         }
 263         catch(...) {
 264                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function getSharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 265                 exit(1);
 266         }
 267
 268 }
 269
 270 /***********************************************************************/
 271
 272 SharedOrderVector SharedOrderVector::getSharedOrderVector(){
 273         return *this;
 274 }
 275
 276 /***********************************************************************/
 277
 278 void SharedOrderVector::updateStats(){
 279         try {
 280                 needToUpdate = 0;
 281                 numSeqs = 0;
 282                 numBins = 0;
 283                 maxRank = 0;
 284
 285                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 286                         if(data[i].bin != -1){
 287                                 numSeqs++;
 288                         }
 289                 }
 290
 291                 vector<individual> hold(numSeqs);
 292
 293                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 294                         if(data[i].bin != -1){
 295                                 hold[data[i].bin].bin = hold[data[i].bin].bin+1;
 296                         }
 297                 }
 298
 299                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 300                         if(data[i].bin > numBins) { numBins = data[i].bin;      }
 301                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
 302                 }
 303                 numBins++; //if you have 10 bins largest .bin is 9 since we start at 0.
 304         }
 305         catch(exception& e) {
 306                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 307                 exit(1);
 308         }
 309         catch(...) {
 310                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 311                 exit(1);
 312         }
 313 }
 314
 315 /***********************************************************************/
 316
 317