sffmultiplecommand.h

   1 #ifndef Mothur_sffmultiplecommand_h
   2 #define Mothur_sffmultiplecommand_h
   3
   4 //
   5 //  sffmultiplecommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 8/14/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "command.hpp"
  13
  14 class SffMultipleCommand : public Command {
  15
  16 public:
  17         SffMultipleCommand(string);
  18         SffMultipleCommand();
  19         ~SffMultipleCommand(){}
  20
  21         vector<string> setParameters();
  22         string getCommandName()                 { return "sff.multiple";                        }
  23         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  24         string getOutputFileNameTag(string, string);
  25         string getHelpString();
  26         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Sff.multiple"; }
  27         string getDescription()         { return "run multiple sff files through, sffinfo, trim.flow, shhh.flows and trim.seqs combining the results"; }
  28
  29         int execute();
  30         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  31
  32 private:
  33
  34     struct linePair {
  35                 int start;
  36                 int end;
  37                 linePair(int i, int j) : start(i), end(j) {}
  38         };
  39
  40         string filename, outputDir, flowOrder;
  41         vector<string> outputNames;
  42         bool abort, trim, large, flip, qtrim, allFiles, keepforward;
  43         int maxFlows, minFlows, minLength, maxLength, maxHomoP, tdiffs, bdiffs, pdiffs, sdiffs, ldiffs, numLinkers, numSpacers;
  44         int numFlows, numFPrimers, numRPrimers, processors, maxIters, largeSize;
  45         float signal, noise, cutoff, sigma, minDelta;
  46     int qWindowSize, qWindowStep, keepFirst, removeLast, maxAmbig;
  47         double qRollAverage, qThreshold, qWindowAverage, qAverage;
  48
  49     int readFile(vector<string>& sffFiles, vector<string>& oligosFiles);
  50     int createProcesses(vector<string> sffFiles, vector<string> oligosFiles);
  51     int driver(vector<string> sffFiles, vector<string> oligosFiles, int start, int end);
  52
  53
  54 };
  55
  56
  57 #endif