sequencedb.h

   1 #ifndef SEQUENCEDB_H
   2 #define SEQUENCEDB_H
   3
   4 /*
   5  *  sequencedb.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 4/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a container to store the sequences. */
  15
  16
  17 #include "sequence.hpp"
  18 #include "calculator.h"
  19
  20
  21 class SequenceDB {
  22
  23 public:
  24         SequenceDB();
  25         SequenceDB(int);           //makes data that size
  26         SequenceDB(ifstream&);     //reads file to fill data
  27 //      ~SequenceDB();             //loops through data and delete each sequence
  28
  29         int getNumSeqs();
  30
  31         void set(int, string);     //unaligned - should also set length
  32         void set(int, Sequence);   //unaligned - should also set length
  33         Sequence get(int);         //returns sequence name at that location
  34         void add(Sequence);        //adds unaligned sequence
  35         void changeSize(int);      //resizes data
  36         void clear();              //clears data - remeber to loop through and delete the sequences inside or you will have a memory leak
  37         int size();                //returns datas size
  38         void print(ostream&);      //loops through data using sequence class print
  39
  40 private:
  41         vector<Sequence> data;
  42
  43 };
  44
  45 #endif