sequencecountparser.h

   1 #ifndef Mothur_sequencecountparser_h
   2 #define Mothur_sequencecountparser_h
   3
   4 //
   5 //  sequencecountparser.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 8/7/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "mothurout.h"
  14 #include "sequence.hpp"
  15 #include "counttable.h"
  16
  17 /* This class reads a fasta and count file and parses the data by group. The countfile must contain group information.
  18
  19  Note: The sum of all the groups unique sequences will be larger than the original number of unique sequences.
  20  This is because when we parse the count file we make a unique for each group instead of 1 unique for all
  21  groups.
  22
  23  */
  24
  25 class SequenceCountParser {
  26
  27 public:
  28
  29     SequenceCountParser(string, string);                        //count, fasta - file mismatches will set m->control_pressed = true
  30     SequenceCountParser(string, CountTable&);           //fasta, counttable - file mismatches will set m->control_pressed = true
  31     ~SequenceCountParser();
  32
  33     //general operations
  34     int getNumGroups();
  35     vector<string> getNamesOfGroups();
  36
  37     int getNumSeqs(string);             //returns the number of unique sequences in a specific group
  38     vector<Sequence> getSeqs(string); //returns unique sequences in a specific group
  39     map<string, int> getCountTable(string); //returns seqName -> numberOfRedundantSeqs for a specific group - the count file format, but each line is parsed by group.
  40
  41     int getSeqs(string, string, bool); //prints unique sequences in a specific group to a file - group, filename, uchimeFormat=false
  42     int getCountTable(string, string); //print seqName -> numberRedundantSeqs for a specific group - group, filename
  43
  44     map<string, string> getAllSeqsMap(){ return allSeqsMap; }  //returns map where the key=sequenceName and the value=representativeSequence - helps us remove duplicates after group by group processing
  45 private:
  46
  47     CountTable countTable;
  48     MothurOut* m;
  49
  50     int numSeqs;
  51     map<string, string> allSeqsMap;
  52     map<string, vector<Sequence> > seqs; //a vector for each group
  53     map<string, map<string, int> > countTablePerGroup; //countTable for each group
  54     vector<string> namesOfGroups;
  55 };
  56
  57
  58
  59 #endif