sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16
  17
  18 //Data Structure for a fasta file.
  19
  20 #include "mothur.h"
  21 #include "mothurout.h"
  22
  23 /**************************************************************************************************/
  24
  25 class Sequence {
  26 public:
  27         Sequence();
  28         Sequence(string, string);
  29         Sequence(ifstream&);
  30     Sequence(ifstream&, string&, bool);
  31         Sequence(istringstream&);
  32         //these constructors just set the unaligned string to save space
  33         Sequence(string, string, string);
  34         Sequence(ifstream&, string);
  35         Sequence(istringstream&, string);
  36
  37         void setName(string);
  38         void setUnaligned(string);
  39         void setPairwise(string);
  40         void setAligned(string);
  41         void setLength();
  42         void reverseComplement();
  43         void trim(int);
  44
  45         string convert2ints();
  46         string getName();
  47         string getAligned();
  48         string getPairwise();
  49         string getUnaligned();
  50         string getInlineSeq();
  51         int getNumBases();
  52         int getStartPos();
  53         int getEndPos();
  54         void padToPos(int);
  55         void padFromPos(int);
  56     int filterToPos(int); //any character before the pos is changed to . and aligned and unaligned strings changed
  57     int filterFromPos(int); //any character after the pos is changed to . and aligned and unaligned strings changed
  58         int getAlignLength();
  59         int getAmbigBases();
  60         void removeAmbigBases();
  61         int getLongHomoPolymer();
  62         bool getIsAligned();
  63         void printSequence(ostream&);
  64
  65 private:
  66         MothurOut* m;
  67         void initialize();
  68         string getSequenceString(ifstream&, int&);
  69         string getCommentString(ifstream&);
  70         string getSequenceString(istringstream&, int&);
  71         string getCommentString(istringstream&);
  72         string name;
  73         string unaligned;
  74         string aligned;
  75         string pairwise;
  76         int numBases;
  77         int alignmentLength;
  78         bool isAligned;
  79         int longHomoPolymer;
  80         int ambigBases;
  81         int startPos, endPos;
  82 };
  83
  84 /**************************************************************************************************/
  85
  86 #endif