sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16 using namespace std;
  17
  18 #include "mothur.h"
  19
  20
  21 /**************************************************************************************************/
  22
  23 class Sequence {
  24 public:
  25         Sequence();
  26         Sequence(string, string);
  27         Sequence(ifstream&);
  28
  29         void setName(string);
  30         void setUnaligned(string);
  31         void setPairwise(string);
  32         void setAligned(string);
  33         void setLength();
  34
  35         string convert2ints();
  36         string getName();
  37         string getAligned();
  38         string getPairwise();
  39         string getUnaligned();
  40         int getLength();  //the greater of the lengths of unaligned and aligned
  41         int getUnalignLength();
  42         int getAlignLength();
  43         void printSequence(ostream&);
  44
  45 private:
  46         string name;
  47         string unaligned;
  48         string aligned;
  49         string pairwise;
  50         int length;
  51         int lengthAligned;
  52 };
  53
  54 /**************************************************************************************************/
  55
  56 #endif