sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16
  17 #include "mothur.h"
  18
  19
  20 /**************************************************************************************************/
  21
  22 class Sequence {
  23 public:
  24         Sequence();
  25         Sequence(string, string);
  26         Sequence(ifstream&);
  27
  28         void setName(string);
  29         void setUnaligned(string);
  30         void setPairwise(string);
  31         void setAligned(string);
  32         void setLength();
  33         void reverseComplement();
  34
  35         string convert2ints();
  36         string getName();
  37         string getAligned();
  38         string getPairwise();
  39         string getUnaligned();
  40         int getNumBases();
  41         int getStartPos();
  42         int getEndPos();
  43         int getAlignLength();
  44         int getAmbigBases();
  45         int getLongHomoPolymer();
  46         bool getIsAligned();
  47         void printSequence(ostream&);
  48
  49 private:
  50         void initialize();
  51         string getSequenceString(ifstream&);
  52         string getCommentString(ifstream&);
  53         string name;
  54         string unaligned;
  55         string aligned;
  56         string pairwise;
  57         int numBases;
  58         int alignmentLength;
  59         bool isAligned;
  60         int longHomoPolymer;
  61         int ambigBases;
  62         int startPos, endPos;
  63 };
  64
  65 /**************************************************************************************************/
  66
  67 #endif