sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 using namespace std;
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16
  17 /**************************************************************************************************/
  18
  19 class Sequence {
  20 public:
  21         Sequence();
  22         Sequence(ifstream&);
  23         void setName(string);
  24         void setUnaligned(string);
  25         void setPairwise(string);
  26         void setAligned(string);
  27         string convert2ints();
  28         string getSeqName();
  29         string getAligned();
  30         string getPairwise();
  31         string getUnaligned();
  32 private:
  33         string name;
  34         string unaligned;
  35         string pairwise;
  36         string aligned;
  37 };
  38
  39 /**************************************************************************************************/
  40
  41 #endif