sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16 using namespace std;
  17
  18 #include "mothur.h"
  19
  20
  21 /**************************************************************************************************/
  22
  23 class Sequence {
  24 public:
  25         Sequence();
  26         Sequence(string, string);
  27         Sequence(ifstream&);
  28
  29         void setName(string);
  30         void setUnaligned(string);
  31         void setPairwise(string);
  32         void setAligned(string);
  33         void setLength();
  34         void reverseComplement();
  35
  36         string convert2ints();
  37         string getName();
  38         string getAligned();
  39         string getPairwise();
  40         string getUnaligned();
  41         int getNumBases();
  42         int getStartPos();
  43         int getEndPos();
  44         int getAlignLength();
  45         int getAmbigBases();
  46         int getLongHomoPolymer();
  47         bool getIsAligned();
  48         void printSequence(ostream&);
  49
  50 private:
  51         void initialize();
  52         string name;
  53         string unaligned;
  54         string aligned;
  55         string pairwise;
  56         int numBases;
  57         int alignmentLength;
  58         bool isAligned;
  59         int longHomoPolymer;
  60         int ambigBases;
  61         int startPos, endPos;
  62 };
  63
  64 /**************************************************************************************************/
  65
  66 #endif