seqsummarycommand.h

   1 #ifndef SEQSUMMARYCOMMAND_H
   2 #define SEQSUMMARYCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  seqcoordcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 5/30/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15
  16 class SeqSummaryCommand : public Command {
  17 public:
  18         SeqSummaryCommand(string);
  19         SeqSummaryCommand();
  20         ~SeqSummaryCommand(){}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "summary.seqs";                        }
  24         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  25         string getHelpString();
  26         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Summary.seqs"; }
  27         string getDescription()         { return "summarize the quality of sequences in an unaligned or aligned fasta file"; }
  28
  29         int execute();
  30         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  31 private:
  32         bool abort;
  33         string fastafile, outputDir, namefile;
  34         int processors;
  35         vector<string> outputNames;
  36         map<string, int> nameMap;
  37
  38         struct linePair {
  39                 unsigned long int start;
  40                 unsigned long int end;
  41                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  42         };
  43
  44         vector<linePair*> lines;
  45         vector<int> processIDS;
  46
  47         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string);
  48         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string, linePair*);
  49
  50         #ifdef USE_MPI
  51         int MPICreateSummary(int, int, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  52         #endif
  53
  54
  55 };
  56
  57 #endif