seqsummarycommand.h

   1 #ifndef SEQSUMMARYCOMMAND_H
   2 #define SEQSUMMARYCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  seqcoordcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 5/30/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15
  16 class SeqSummaryCommand : public Command {
  17 public:
  18         SeqSummaryCommand(string);
  19         ~SeqSummaryCommand();
  20         int execute();
  21         void help();
  22
  23 private:
  24         bool abort;
  25         string fastafile, outputDir;
  26         int processors;
  27
  28         struct linePair {
  29                 unsigned long int start;
  30                 int num;
  31                 linePair(unsigned long int i, long int j) : start(i), num(j) {}
  32         };
  33         vector<linePair*> lines;
  34         vector<int> processIDS;
  35
  36         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string);
  37         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string, linePair*);
  38         int setLines(string);
  39
  40         #ifdef USE_MPI
  41         int MPICreateSummary(int, int, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, MPI_File&, MPI_File&, vector<long>&);
  42         #endif
  43
  44
  45 };
  46
  47 #endif