seqsummarycommand.h

   1 #ifndef SEQSUMMARYCOMMAND_H
   2 #define SEQSUMMARYCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  seqcoordcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 5/30/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15
  16 class SeqSummaryCommand : public Command {
  17 public:
  18         SeqSummaryCommand(string);
  19         SeqSummaryCommand();
  20         ~SeqSummaryCommand();
  21         vector<string> getRequiredParameters();
  22         vector<string> getValidParameters();
  23         vector<string> getRequiredFiles();
  24         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  25         int execute();
  26         void help();
  27
  28 private:
  29         bool abort;
  30         string fastafile, outputDir, namefile;
  31         int processors;
  32         vector<string> outputNames;
  33         map<string, vector<string> > outputTypes;
  34         map<string, int> nameMap;
  35
  36         struct linePair {
  37                 unsigned long int start;
  38                 unsigned long int end;
  39                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  40         };
  41
  42         vector<linePair*> lines;
  43         vector<int> processIDS;
  44
  45         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string);
  46         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string, linePair*);
  47         int readNames();
  48
  49         #ifdef USE_MPI
  50         int MPICreateSummary(int, int, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  51         #endif
  52
  53
  54 };
  55
  56 #endif