seqsummarycommand.h

   1 #ifndef SEQSUMMARYCOMMAND_H
   2 #define SEQSUMMARYCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  seqcoordcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 5/30/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16
  17
  18
  19 class SeqSummaryCommand : public Command {
  20 public:
  21         SeqSummaryCommand(string);
  22         ~SeqSummaryCommand();
  23         int execute();
  24         void help();
  25
  26 private:
  27         GlobalData* globaldata;
  28         OptionParser* parser;
  29         map<string, string> parameters;
  30         map<string, string>::iterator it;
  31         bool abort;
  32         string fastafile;
  33
  34
  35 };
  36
  37 #endif