seqerrorcommand.h

   1 #ifndef SEQERRORCOMMAND
   2 #define SEQERRORCOMMAND
   3
   4 /*
   5  *  seqerrorcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 7/15/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "sequence.hpp"
  16
  17 struct Compare {
  18         int AA, AT, AG, AC,     TA, TT, TG, TC, GA, GT, GG, GC, CA, CT, CG, CC, NA, NT, NG, NC, Ai, Ti, Gi, Ci, Ni, dA, dT, dG, dC;
  19         string refName, queryName;
  20         double errorRate;
  21         int weight, matches, mismatches, total;
  22
  23         Compare(){
  24                 AA=0; AT=0; AG=0; AC=0;
  25                 TA=0; TT=0; TG=0; TC=0;
  26                 GA=0; GT=0; GG=0; GC=0;
  27                 CA=0; CT=0; CG=0; CC=0;
  28                 NA=0; NT=0; NG=0; NC=0;
  29                 Ai=0; Ti=0; Gi=0; Ci=0; Ni=0;
  30                 dA=0; dT=0; dG=0; dC=0;
  31                 refName = "";
  32                 queryName = "";
  33                 weight = 1;
  34                 matches = 0;
  35                 mismatches = 0;
  36                 total = 0;
  37                 errorRate = 1.0000;
  38         }
  39 };
  40
  41 class SeqErrorCommand : public Command {
  42 public:
  43         SeqErrorCommand(string);
  44         ~SeqErrorCommand();
  45         int execute();
  46         void help();
  47
  48 private:
  49         bool abort;
  50
  51         void getReferences();
  52         map<string,int> getWeights();
  53         Compare getErrors(Sequence, Sequence);
  54         void printErrorHeader();
  55         void printErrorData(Compare);
  56
  57         string queryFileName, referenceFileName, namesFileName, errorFileName, outputDir;
  58         double threshold;
  59         int numRefs;
  60         ofstream errorFile;
  61
  62         vector<Sequence> referenceSeqs;
  63 };
  64
  65 #endif