seqdb.h

   1 #ifndef seqdb_h\r
   2 #define seqdb_h\r
   3 \r
   4 #include <vector>\r
   5 #include <map>\r
   6 #include "myutils.h"\r
   7 \r
   8 struct SeqData;\r
   9 \r
  10 using namespace std;\r
  11 \r
  12 struct SeqDB\r
  13         {\r
  14 private:\r
  15         SeqDB(const SeqDB &rhs);\r
  16         SeqDB &operator=(const SeqDB &rhs);\r
  17 \r
  18 public:\r
  19         string m_FileName;\r
  20         char **m_Labels;\r
  21         byte **m_Seqs;\r
  22         unsigned *m_SeqLengths;\r
  23         unsigned m_SeqCount;\r
  24         unsigned m_Size;\r
  25 \r
  26         bool m_Aligned;\r
  27         bool m_IsNucleo;\r
  28         bool m_IsNucleoSet;\r
  29 \r
  30 public:\r
  31         SeqDB();\r
  32         ~SeqDB();\r
  33         void Clear(bool ctor = false);\r
  34         void InitEmpty(bool Nucleo);\r
  35 \r
  36         unsigned AddSeq(const char *Label, const byte *Seq, unsigned L);\r
  37 \r
  38         byte *GetSeq(unsigned SeqIndex) const\r
  39                 {\r
  40                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  41                 return m_Seqs[SeqIndex];\r
  42                 }\r
  43 \r
  44         const char *GetLabel(unsigned SeqIndex) const\r
  45                 {\r
  46                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  47                 return m_Labels[SeqIndex];\r
  48                 }\r
  49 \r
  50         unsigned GetSeqLength(unsigned SeqIndex) const\r
  51                 {\r
  52                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  53                 return m_SeqLengths[SeqIndex];\r
  54                 }\r
  55 \r
  56         unsigned GetSeqCount() const\r
  57                 {\r
  58                 return m_SeqCount;\r
  59                 }\r
  60 \r
  61         unsigned GetPairCount() const\r
  62                 {\r
  63                 unsigned SeqCount = GetSeqCount();\r
  64                 return (SeqCount*(SeqCount - 1))/2;\r
  65                 }\r
  66 \r
  67         unsigned GetPairIndex(unsigned SeqIndex1, unsigned SeqIndex2) const\r
  68                 {\r
  69                 if (SeqIndex1 > SeqIndex2)\r
  70                         return (SeqIndex1*(SeqIndex1 - 1))/2 + SeqIndex2;\r
  71                 return (SeqIndex2*(SeqIndex2 - 1))/2 + SeqIndex1;\r
  72                 }\r
  73 \r
  74         unsigned GetColCount() const\r
  75                 {\r
  76                 if (!m_Aligned)\r
  77                         Die("SeqDB::GetColCount, not aligned");\r
  78                 if (m_SeqCount == 0)\r
  79                         Die("SeqDB::GetColCount, empty");\r
  80                 return m_SeqLengths[0];\r
  81                 }\r
  82 \r
  83         bool IsNucleo() const\r
  84                 {\r
  85                 asserta(m_IsNucleoSet);\r
  86                 return m_IsNucleo;\r
  87                 }\r
  88 \r
  89         void GetSeqData(unsigned Id, SeqData &Buffer) const;\r
  90 \r
  91         unsigned GetMaxLabelLength() const;\r
  92         unsigned GetMaxSeqLength() const;\r
  93         void SetIsNucleo();\r
  94         unsigned GetIndex(const char *Label) const;\r
  95         void MakeLabelToIndex(map<string, unsigned> &LabelToIndex);\r
  96 \r
  97         void LogMe() const;\r
  98         void FromFasta(const string &FileName, bool AllowGaps = false);\r
  99 \r
 100         void ToFasta(const string &FileName) const;\r
 101         void ToFasta(FILE *f, unsigned SeqIndex) const;\r
 102         void SeqToFasta(FILE *f, unsigned SeqIndex, bool WithLabel = false) const;\r
 103 \r
 104         unsigned GetTotalLength() const;\r
 105         };\r
 106 \r
 107 bool isgap(byte c);\r
 108 \r
 109 #endif\r