sensspeccommand.h

   1 #ifndef SENSSPECCOMMAND_H
   2 #define SENSSPECCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  sensspeccommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 7/6/10.
  10  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "command.hpp"
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  17 class SensSpecCommand : public Command {
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  19 public:
  20         SensSpecCommand(string);
  21         ~SensSpecCommand();
  22         int execute();
  23         void help();
  24
  25 private:
  26         void processPhylip();
  27 ///     void processColumn(map<string, int>);
  28
  29         string listFile, distFile, nameFile, outputDir;
  30         string format;
  31 //      int numSeqs, numDists;
  32         int truePositives, falsePositives, trueNegatives, falseNegatives;
  33         bool abort;
  34         bool hard;
  35         string lineLabel;
  36         double cutoff;
  37 };
  38
  39 #endif