screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  16
  17 public:
  18         ScreenSeqsCommand(string);
  19         ~ScreenSeqsCommand();
  20         int execute();
  21         void help();
  22
  23 private:
  24         void screenNameGroupFile(set<string>);
  25         void screenGroupFile(set<string>);
  26         void screenAlignReport(set<string>);
  27
  28         bool abort;
  29         string fastafile, namefile, groupfile, alignreport;
  30         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength;
  31 };
  32
  33 #endif