screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  16
  17 public:
  18         ScreenSeqsCommand(string);
  19         ScreenSeqsCommand();
  20         ~ScreenSeqsCommand() {}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "screen.seqs";                         }
  24         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  25         string getHelpString();
  26         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Screen.seqs"; }
  27
  28         int execute();
  29         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  30
  31
  32 private:
  33
  34         struct linePair {
  35                 unsigned long int start;
  36                 unsigned long int end;
  37                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  38         };
  39
  40         vector<int> processIDS;   //processid
  41         vector<linePair*> lines;
  42
  43         int screenNameGroupFile(set<string>);
  44         int screenGroupFile(set<string>);
  45         int screenAlignReport(set<string>);
  46         int screenQual(set<string>);
  47
  48         int driver(linePair*, string, string, string, set<string>&);
  49         int createProcesses(string, string, string, set<string>&);
  50
  51         #ifdef USE_MPI
  52         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&, set<string>&);
  53         #endif
  54
  55         bool abort;
  56         string fastafile, namefile, groupfile, alignreport, outputDir, qualfile;
  57         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength, processors, criteria;
  58         vector<string> outputNames;
  59         vector<string> optimize;
  60         map<string, int> nameMap;
  61         int readNames();
  62
  63         int getSummary(vector<unsigned long int>&);
  64         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string);
  65         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, linePair*);
  66 };
  67
  68 #endif