screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  16
  17 public:
  18         ScreenSeqsCommand(string);
  19         ScreenSeqsCommand();
  20         ~ScreenSeqsCommand() {}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "screen.seqs";                         }
  24         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  25         string getHelpString();
  26         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Screen.seqs"; }
  27         string getDescription()         { return "enables you to keep sequences that fulfill certain user defined criteria"; }
  28
  29         int execute();
  30         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  31
  32
  33 private:
  34
  35         struct linePair {
  36                 unsigned long int start;
  37                 unsigned long int end;
  38                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  39         };
  40
  41         vector<int> processIDS;   //processid
  42         vector<linePair*> lines;
  43
  44         int screenNameGroupFile(set<string>);
  45         int screenGroupFile(set<string>);
  46         int screenAlignReport(set<string>);
  47         int screenQual(set<string>);
  48
  49         int driver(linePair*, string, string, string, set<string>&);
  50         int createProcesses(string, string, string, set<string>&);
  51
  52         #ifdef USE_MPI
  53         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&, set<string>&);
  54         #endif
  55
  56         bool abort;
  57         string fastafile, namefile, groupfile, alignreport, outputDir, qualfile;
  58         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength, processors, criteria;
  59         vector<string> outputNames;
  60         vector<string> optimize;
  61         map<string, int> nameMap;
  62         int readNames();
  63
  64         int getSummary(vector<unsigned long int>&);
  65         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string);
  66         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, linePair*);
  67 };
  68
  69 #endif