screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  16
  17 public:
  18         ScreenSeqsCommand(string);
  19         ScreenSeqsCommand();
  20         ~ScreenSeqsCommand() {}
  21
  22         vector<string> setParameters();
  23         string getCommandName()                 { return "screen.seqs";                         }
  24         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  25         string getHelpString();
  26
  27         int execute();
  28         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  29
  30
  31 private:
  32
  33         struct linePair {
  34                 unsigned long int start;
  35                 unsigned long int end;
  36                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  37         };
  38
  39         vector<int> processIDS;   //processid
  40         vector<linePair*> lines;
  41
  42         int screenNameGroupFile(set<string>);
  43         int screenGroupFile(set<string>);
  44         int screenAlignReport(set<string>);
  45         int screenQual(set<string>);
  46
  47         int driver(linePair*, string, string, string, set<string>&);
  48         int createProcesses(string, string, string, set<string>&);
  49
  50         #ifdef USE_MPI
  51         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&, set<string>&);
  52         #endif
  53
  54         bool abort;
  55         string fastafile, namefile, groupfile, alignreport, outputDir, qualfile;
  56         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength, processors, criteria;
  57         vector<string> outputNames;
  58         vector<string> optimize;
  59         map<string, int> nameMap;
  60         int readNames();
  61
  62         int getSummary(vector<unsigned long int>&);
  63         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string);
  64         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, linePair*);
  65 };
  66
  67 #endif